中华文明自身发展 广泛吸收外来文明
在外来文明影响方面，探源研究认为，中华文明在自身发展过程中，广泛吸收了外来文明的影响。比如源自西亚、中亚等地区的小麦栽培技术、黄牛和绵羊等家畜的饲养以及青铜冶炼技术逐步融入中华文明之中，并改造生发出崭新的面貌。
寻中国之始 写五千年“家谱”
“中华文明探源工程”是继“夏商周断代工程”之后，又一项由国家支持的多学科结合、研究中国历史与古代文化的重大科研项目。从2001年正式提出至今，已经实施了4个阶段的研究工作，一个中国之前的“中国”，逐渐清晰起来。
重点关注都邑性遗址 当时已现早期国家
探源研究中，重点关注了浙江良渚、山西陶寺、陕西石峁等几处都邑性遗址。
浙江良渚遗址，发现了建于距今约5000年前，长1800米、宽1500米，面积近300万平方米的内城和面积达800万平方米的外城。为防止遭洪水侵害，还堆砌了长3.5公里，宽十几米，高数米的大型水坝。其工程量在全世界同时期的建筑中是首屈一指。
山西陶寺遗址，同样发现了修建于距今4300年前的巨型城址，280万平方米的城内已有宫殿区、手工业作坊区、一般居民区和墓葬区等严格的功能分区。
陕西石峁古城总面积达400万平方米。则由皇城、内城和外城构成，古城是用石块在丘陵之上垒筑而成，皇城的城墙高达9米，外城的城门建有雄伟高大的垛楼。
中华文明起源与早期发展综合研究项目执行组组长之一 王巍：各地区都开始出现了初期的文明，它的标志就是王权的出现，大的城址、高等级的建筑，所谓的宫殿，高等级的墓葬，这样几点是判断文明的一个重要的标志，最终是国家的出现，国家的出现会有一些物质的体现，比如大的城址，大的工程。
寻中国之始 古国时代超千年
探源研究发现，中国文明实为散布在黄河、长江和西辽河流域的许多地方文明构成的一个巨大丛体，体量远超世界上其它几个古代文明。从大约距今5800年起，黄河流域、长江流域以及西辽河地区的史前社会开始了向复杂化的加速度发展。
从中华文明起源至大约距今3800年，长达一千多年里，文献传说有许多这一时期“天下万国”的说法，探源研究将这个阶段叫作“古国时代”，认为是中国文明早期发展的第一个大的阶段。
多元一体：奠三代之基 成历史趋势
在这一千多年里，各地方文明分别有自己的演进方式、特点，此起彼伏、此消彼长，又彼此间交流竞争、取长补短，逐渐显现出“一体化”趋势，汇成中国文明的洪流，并在古国时代晚期，以河南二里头为代表的中原地区，大量吸收各种外来的先进文化因素，同时开始对外辐射其强大的影响，呈现出一种前所未有的王朝气象。
这一过程在探源研究中称为“中国文明的多元一体”，作为一种历史趋势，奠定了日后夏商周“三代文明”的基础，也成为了多民族国家形成的远因和源头。
王巍：我们大家都耳熟能详中华五千年文明，但是实际上究竟有多少历史根据，究竟是真实还是神话传说，对于中华民族来讲是非常重大的一个问题，我们这个研究把距今5000多年文明通过考古发现和多学科结合把它证实了，这在世界文明研究当中也是重要的贡献。
凌家滩遗址 多元一体文明“缩影”
在探源研究众多的遗址中，安徽凌家滩遗址在年代上相对要早，5000多年前中华文明发生了较大的变化，凌家滩位于最早的节点之一。它的玉器制作工艺达到了当时的最高峰，一条2000多米长的宽大壕沟，将生活区和墓葬区分割开来，反映了先民的“规划智慧”。
凌家滩遗址位于安徽含山县铜闸镇凌家滩自然村，自1987年发掘以来，已经出土大量精美的玉器、石器、陶器等文物，其中玉器尤为突出：出土的一件玉龙，与汉代以后的玉龙基本上相似； 6件玉人，面部表情严肃，双手很庄重的举起来，像是在祈祷一样；到目前为止遗址出土的一件玉鹰，也是全国唯一一件，两面雕刻，正反两面完全一样，制作工艺十分高超；这些玉器表达着远古先民的神、巫、图腾崇拜。目前已发现斧头形状的玉钺30多件，出土玉、石钺的墓葬，经常有一件比较大，位置摆放也很特殊，位于人体胸部或脸部。专家介绍，钺通常与军权或王权相关。
中华文明起源与早期发展综合研究项目凌家滩子项目负责人 朔知：凌家滩玉石器的工艺已经达到了当时的最高峰，可能是处于中国玉文化发展的创新时期，所以它的量、种类都蛮多的，不像良渚玉琮、壁完全都是一模一样的。这个最高峰的出现它不是平白无故的，肯定会有社会组织方面的巨大变化。
考古专家认为，制作工艺高超的玉器，就需要一批脱离或半脱离农业劳动的专门玉工，类似于手工业从农业中脱离出来，反映着当时社会的重大变革。近年来，考古人员通过对140万平方米的凌家滩遗址深入发掘研究，一条2000多米长的壕沟，日渐呈现在今人的眼前，反映着凌家滩先民5300多年前就已有的“规划智慧”。
朔知：有二三十米宽，最深的地方能达到六七米，这么一个大的工程，需要有相当的组织能力来进行协调。它还有一个更重要的作用，贵族墓地是在壕沟的外边，这个壕沟里边是当时活人生活的地方，它把当时人的生活区跟墓葬区分隔开来了。
考古专家介绍，凌家滩遗址鼎盛时期为距今5500年至5300年之间。在此之前它并不显眼，与目前已知的周围20多个遗址均为小聚落。此后这些聚落慢慢消失或衰落，位置相对居中的凌家滩，最终演变成为当时长江中下游地区面积最大、最发达的区域中心。
朔知：有点像城镇化一样，大家都集中到一个大的中心里面来了。这个变化在小区域来看的话，它是从分散到集中，从多元到一体的过程。我们整个中华文明的形成，好像也是这样子的。
