Ubuntu下如何下载Bowtie2并建立索引?

一般对于DNA数据,比对软件一般使用:bowtie2、bwa

对于RNA数据,比对一般使用:hisat2、star

此处我们介绍Bowtie2的下载与安装

1、Bowtie2下载地址

https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/latest/download

2、解压后即可使用

-函数调用方法:通过文件路径找到函数

-例如:/home/duck/Downloads/bowtie2-2.3.4.3-linux-x86_64/bowtie2-build mm10.fa index

上行代码中斜体删除线为bowtie2-build函数所在位置(index代表对mm10.fa建立索引)

3、Bowtie2使用办法(简洁明了版)

https://www.plob.org/article/4540.html

4、建立索引

/home/user/bowtie2/bowtie2-build mm10.fa index


老规矩:斜体删除线代表bowtie2-build文件所在位置(因人而异)

粗体删除线代表准备要建立索引的fasta文件

最后的index斜体代表产生的索引文件的名称

5、得到六个索引文件

正常结束时,我们会得到六个文件,后缀分别为:.1.bt2,.2.bt2,.3.bt2,.4.bt2,.rev.1.bt2.rev.2.bt2

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