Ubuntu下如何下载Bowtie2并建立索引？

一般对于DNA数据，比对软件一般使用：bowtie2、bwa

对于RNA数据，比对一般使用：hisat2、star

此处我们介绍Bowtie2的下载与安装

1、Bowtie2下载地址

https://sourceforge.net/projects/bowtie-bio/files/latest/download

2、解压后即可使用

-函数调用方法：通过文件路径找到函数

-例如：/home/duck/Downloads/bowtie2-2.3.4.3-linux-x86_64/bowtie2-build mm10.fa index

上行代码中斜体删除线为bowtie2-build函数所在位置（index代表对mm10.fa建立索引）

3、Bowtie2使用办法（简洁明了版）

https://www.plob.org/article/4540.html

4、建立索引

/home/user/bowtie2/bowtie2-build mm10.fa index

老规矩：斜体删除线代表bowtie2-build文件所在位置（因人而异）

粗体删除线代表准备要建立索引的fasta文件

最后的index斜体代表产生的索引文件的名称

5、得到六个索引文件

正常结束时，我们会得到六个文件，后缀分别为：.1.bt2，.2.bt2，.3.bt2，.4.bt2，.rev.1.bt2和.rev.2.bt2