1.拿到的原始序列：
2.去除>chrM:
awk 'BEGIN{FS=" "}{print $2}' seq.txt > seq.01.txt
3.在末尾添加NGG：
发现换行符有问题：
cat -A seq.01.txt
^M是windows的换行符，应该去掉：
去掉：
sed -i 's/\r//g' seq.01.txt
cat -A seq.01.txt
添加NGG:
sed 's/$/&NGG/g' seq.01.txt | head
3.使用 seqkit locate 寻找：
F/R链+没有mismatch+全基因组
fasta=/media/shen/6a524d78-97d1-481c-b068-8116a4d007f8/sun/refdata/gencode_GRCm38/raw_fasta/GRCm38.p6.genome.fa
取第一个试下：
seqkit locate -i -p aagcactgaaaatgcttagaNGG $fasta -j 20
all：
for i in `cat seq.fine.txt`
do
echo $i greping.....
seqkit locate -i -p $i $fasta -j 20 -d >> result.txt
done
卧槽太慢了。
换个方法：
sed -i 's/\r//g' seq.txt
sed 's/$/&NGG/g' seq.txt > seq.fa
sed 's/ /\n/g' seq.fa > seq.fine.fa
小程序ref: https://github.com/ekg/fasta-to-fastq
$ chmod u+x fasta_to_fastq.pl
$ perl fasta_to_fastq.pl reads.fasta > my_converted_fasta.fq
# 转为大写：
$ cat seq.fine.fq | tr 'a-z' 'A-Z' > seq.fine.ok.fq
index=/media/shen/6a524d78-97d1-481c-b068-8116a4d007f8/sun/refdata/gencode_GRCm38/01_bowtie2/genome
bowtie2 -x $index -N 0 --end-to-end -a --reorder -U seq.fine.fq -p 10 -S seq.sam
不行...
应该用本地blast：
安装：
