发现个好基因怎么办?随手做点泛癌分析写成letter先发个27分SCI。

大家好,今天要和大家分享的是2021年11月发表的一篇文章:“Hiding in the dark: pan-cancer characterization of expression and clinical relevance of CD40 to immune checkpoint blockade therapy”。

CD40,也被称为TNFRSF5,是一种共刺激细胞表面受体,存在于抗原提呈细胞(APC)、非造血细胞和肿瘤细胞中。在这项研究中,作者系统地分析了CD40在23种不同癌症类型和正常组织中的表达和临床价值。此外,作者还研究了CD40对RAS/RAF/PI3K通路在肿瘤进展和免疫治疗反应中的调节作用。结果表明,CD40在大多数癌症中低表达,CD40/CD40LG轴与癌症中的I型抗肿瘤T细胞反应密切相关。RAS(N/H/K)突变与黑色素瘤中的CD40低表达相关。此外,CD40还可作为某些肿瘤(黑色素瘤、胃癌和胶质母细胞瘤)对免疫检查点阻断(ICB)治疗反应的潜在预测生物标志物。

发表杂志:Mol Cancer.

影响因子:27.401

小编最近筛选到一些结果比较好的基因,需要做深入分析的欢迎交流喔,先到先得!

研究背景

CD40是TNF受体超家族蛋白,广泛表达于抗原提呈细胞(APC)、非造血细胞和肿瘤细胞中。CD40和CD40配体(CD40LG)结合通过增加肿瘤细胞的免疫原性细胞死亡(ICD)、APC激活、上调主要组织相容性复合体(MHC)分子的肿瘤免疫原性、产生促炎因子介导抗肿瘤免疫反应、CD4+和CD8+T细胞的共刺激以及肿瘤细胞对T细胞裂解的敏感性。同时,抑制RAS/RAF/PI3K通路可促进ICD并增强CD40对免疫检查点阻断(ICB)的反应。因此,CD40有可能作为肿瘤免疫的一个新的作用靶点。

结果解读

CD40****表达与****I****型抗肿瘤反应和临床相关性分析

①分析CD40 mRNA表达与其配体CD40LG、MHC标志物(HLA-DRA)、树突状细胞(BATF3)、B细胞(PAX5)、巨噬细胞(CD68)、中性粒细胞、CD177、T细胞、I型抗肿瘤反应(IFNG和GZMB)、细胞增殖(MKI67),促细胞凋亡(BAX),抗细胞凋亡(BCL2)和II型促肿瘤反应(IL5)在泛癌中的关联。

结果:

下图A:上述基因在TCGA/TARGET/GTEx数据库中的肿瘤和正常组织中表达的热图。

下图B:基因相关系数展示。

下图C:CD40四分位数分层的泛癌样本进行对数秩检验的Kaplan Meier曲线图。

CD40****与****RAS/RAF/PI3K****靶向和免疫疗法的联系

①分析CD40在23种癌症与相应正常组织中的表达情况。

②使用GSE112509数据集验证CD40在黑色素瘤和正常组织中的表达情况。

③CD40相关的通路网络。

④利用肿瘤免疫功能障碍和排斥(TIDE)评估CD40是否可能对免疫治疗具有预测价值。

结果:

下图A:通过Mann-Whitney检验统计CD40在不同癌症类型与相应正常组织中的表达情况。

下图B:通过GSE112509数据集验证CD40在黑色素瘤和癌旁中的表达。

下图C:通过TCGA数据集验证CD40在黑色素瘤和癌旁中的表达。

下图D:与CD40相关的通路图。

下图E:评估CD40对肿瘤免疫治疗反应的Kaplan Meier曲线图。

小结:

在这项研究中,作者证实了CD40/CD40LG轴与癌症中的I型抗肿瘤T细胞反应密切相关。RAS(N/H/K)突变与黑色素瘤中的CD40低表达相关。此外,CD40还可作为某些肿瘤类型(如黑色素瘤、胃癌和胶质母细胞瘤)对ICB治疗反应的潜在预测生物标志物。

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