GROC-SVs安装步骤,主要参考“SV检测软件使用总结”(https://www.jianshu.com/p/92a35984d439)
首先按照博主的方法进行安装,步骤如下
conda create -n grocsvs python=2.7
source activate grocsvs
git clone https://github.com/grocsvs/grocsvs.git
cd grocsvs
#修改setup.py
pip install .
但是并未成功,一直报错“ImportError: No module named main”。
于是用conda安装了python2.7
conda create -c conda-forge -y --prefix /yourpath/bin/py27
source activate /yourpath/bin/py27
conda install python=2.7.17
安装成功之后,再次进行grocsvs的安装
source activate /yourpath/bin/py27
cd /yourpath/bin/grocsvs
pip install .
但仍然报错“ImportError: No module named main”。查询之后发现是pip的原因。
下载pip重新安装
具体参考https://blog.csdn.net/Random_R/article/details/104824633
source activate /yourpath/bin/py27
wget https://files.pythonhosted.org/packages/11/b6/abcb525026a4be042b486df43905d6893fb04f05aac21c32c638e939e447/pip-9.0.1.tar.gz
tar -zxvf pip-9.0.1.tar.gz
cd pip-9.0.1/
python setup.py build
python setup.py install
安装好之后,重新安装grocsvs
cd /yourpath/bin/grocsvs
pip install .
报错是由于pygraphviz安装不成功,原因可以看(https://www.jianshu.com/p/92a35984d439),所以对setup.py进行修改
cd /yourpath/bin/grocsvs
cat setup.py > setup_old.py
vim setup.py
remove pygraphviz
pip install .
至此grocsvs安装成功。
运行
module load miniconda
source activate /yourpath/bin/py27
grocsvs grocsvs/examples/tumor_normal.configuration.json