10XG--GROC-SVs安装

GROC-SVs安装步骤，主要参考“SV检测软件使用总结”（https://www.jianshu.com/p/92a35984d439）

首先按照博主的方法进行安装，步骤如下

conda create -n grocsvs python=2.7
source activate grocsvs
git clone https://github.com/grocsvs/grocsvs.git
cd grocsvs
#修改setup.py
pip install .

但是并未成功，一直报错“ImportError: No module named main”。

于是用conda安装了python2.7

conda create -c conda-forge -y --prefix /yourpath/bin/py27
source activate /yourpath/bin/py27
conda install python=2.7.17

安装成功之后，再次进行grocsvs的安装

source activate /yourpath/bin/py27
cd /yourpath/bin/grocsvs
pip install .

但仍然报错“ImportError: No module named main”。查询之后发现是pip的原因。

下载pip重新安装

具体参考https://blog.csdn.net/Random_R/article/details/104824633

source activate /yourpath/bin/py27
wget https://files.pythonhosted.org/packages/11/b6/abcb525026a4be042b486df43905d6893fb04f05aac21c32c638e939e447/pip-9.0.1.tar.gz
tar -zxvf pip-9.0.1.tar.gz
cd pip-9.0.1/
python setup.py build
python setup.py install

安装好之后，重新安装grocsvs

cd /yourpath/bin/grocsvs
pip install .

报错是由于pygraphviz安装不成功，原因可以看（https://www.jianshu.com/p/92a35984d439），所以对setup.py进行修改

cd /yourpath/bin/grocsvs
cat setup.py > setup_old.py
vim setup.py
remove pygraphviz
pip install .

至此grocsvs安装成功。

运行

module load miniconda
source activate /yourpath/bin/py27
grocsvs grocsvs/examples/tumor_normal.configuration.json