关于 R Markdown 的一些 tips
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原创 鲍志炜 [生信菜鸟团](javascript:void(0);) 昨天
节选自 Pimp my RMD: a few tips for R Markdown https://holtzy.github.io/Pimp-my-rmd
章节自动编号
在 YAML 文件中用 number_sections: TRUE 参数设置自动编号：
---
跳过一行
可以用 html 中的 <br> 标签来插入换行符。
A first sentence
图片居中
同样可以用 html 代码居中图片
<center>
减少图片周围的空白区域
有时候 R 代码生成的图片周围有太多空白，这时可以用 fig.asp 参数来调整。这里我使用了 fig.asp=0.50。
library(png)
上图为未加参数，下图为添加了参数
添加 footer 和 header
我们也可以在文档的开头或结尾添加一些 html 代码。下面是我在本文末尾添加的 html 代码:
将这段 html 代码保存为 footer.html，然后在 YAML 中声明：
---
你的 footer 就会变成这样：
在标题前加上空行
除了在每个标题前加上 <br> 外，更方便的办法是直接在 .css 文件中添加样式。创建一个 style.css 文件：
h1, .h1, h2, .h2, h3, .h3 {
在 YAML 中指定该 .css：
---
图注
我们可以在代码块的 header 中添加图注，例如：
{r, fig.align="center", fig.width=6, fig.height=6, fig.cap="Figure: Here is a really important caption."}
library(tidyverse)
自定义图注样式
同样可以用 css 自定义图注样式，比如把下面的代码添加到 style.css 文件中：
<style>
图注的样式就会改为这样：
数学公式
在 R Markdown 中可以用 LaTeX 语法插入数学公式，用 $ 分隔 Latex 语法：
$A = (\pi * \lambda \times r^{4}) / \alpha $
并排放两张图
在 chunk header 中加上 out.width=c('50%', '50%'), fig.show='hold' 即可：
```{r out.width=c('50%', '50%'), fig.show='hold'}
为子标题实现选项卡切换的效果
这个样式同样用 .css 来实现。
首先，在一级标题后加上 {.tabset .tabset-fade .tabset-pills}（把二级标题作为选项卡）
# Use buttons or tabs for sub-chapters {.tabset .tabset-fade .tabset-pills}
修改 .css：
.btn {
用 DT 包来展示表格
DT 包[1] 可谓是 R Markdown 的最佳伴侣，它可以在网页上轻松实现交互式的表格：
library(DT)
隐藏代码
有时候你只想分享实验结果而非一些冗长的代码，这时就可以在 YAML 中设置参数来隐藏代码：
output:
高亮一段话
同样，我们可以用 css 代码来改变段落的背景色以高亮显示：
<style>
视差滚动
因为 R Markdown可以输出 html 文档，所以理论上可以实现网页中的各种视觉效果。比如实现「视差滚动」：
需要用到的 css 和 header.html 可从这里下载：https://github.com/holtzy/R-Markdown-Parallax
缓存
可以在代码块的 header 中添加 cache=TRUE 来缓存特定 chunk，也可以直接在文档的最开始加上 knitr::opts_chunk$set(cache=TRUE) 实现对整个文档的缓存。
注意：请谨慎使用此选项，强烈建议阅读 Yiyi Xie 撰写的有关此部分内容的文档[2]。
在网页右上角加上 Github 链接
为了实现这种效果，我一般用的是 Tim Holman 的代码[3]，把这段代码粘贴到 header.html 中，使用方法同添加 footer 代码一样。
内部链接
您可以使用锚点在 R Markdown 中使用内部链接（可通过锚点连接网页内的任意标题）。如何实现这个效果：
•第一步 - 在标题处添加一个锚点：
# Add a github link in the corner of your document {#github-link}
•第二步 - 用链接指向该锚点：
For example, [this link](#github-link) will bring ...
交互式图表
可使用 plotly 构建交互式图表，充分利用 html 可交互的特性。
library(ggplot2)
主题
你可以使用任何 bootswatch 主题[4]来自定义文档的字体和外观。还可以调整高亮显示样式：
title: "your title"
模板
R Markdown 可以使用许多美观的模板，这里推荐两个包：
•prettydoc[5] by Yixuan Qiu•rmdformats[6] by Julien Barnier. It provides several templates, like readthedown:
把网页分享到互联网上
按照下面的步骤就可以把你的 html 放在 github 上显示啦：
1.创建 github 账号。2.将 .rmd 文件重命名为 index.rmd，并 Knit 生成 index.html 文件。3.使用工作目录生成一个 github 仓库4.进入该仓库：Settings -> GitHub Pages -> Source -> Master Branch -> Save5.稍等一会你的 .html 文件就可在相应域名访问。
用 R Markdown 创建静态网页
这一部分内容可参见 blogdown package[7] 。
创建 R Markdown 模板
关于这个话题详细内容参见 Rstudio documentation[8] 。
Session info
在文档末尾添加 session info 是一个比较好的习惯，这将提高结果的可重复性。只需一行代码即可实现：
sessionInfo()
## R version 3.4.1 (2017-06-30)
一些快捷键
运行代码
command + Enter on Mac
插入注释
command + Shift + C on Mac
Knit a R Markdown document
command + Shift + K on Mac
创建新的代码块
command + option + I on Mac (or command + alt + I depending on your keyboard)
重新格式化代码
cmd + Shift + A on Mac
引用链接
[1] DT 包: https://rstudio.github.io/DT/
[2] Yiyi Xie 撰写的有关此部分内容的文档: https://yihui.name/knitr/demo/cache/
[3] Tim Holman 的代码: https://github.com/tholman/github-corners
[4] bootswatch 主题: https://bootswatch.com/
[5] prettydoc: http://yixuan.cos.name/prettydoc/
[6] rmdformats: https://github.com/juba/rmdformats
[7] blogdown package: https://github.com/rstudio/blogdown
[8] Rstudio documentation: https://rmarkdown.rstudio.com/developer_document_templates.html
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