周显王十九年，公元前350年，公孙鞅在秦孝公的支持下，继续推进改革。秦国在咸阳修建宫殿，将国都迁到那里；又下令禁止百姓家庭不分长幼尊卑地父子、兄弟混居一堂；把四散的小村落合并到一起，成为一个县，设置县令、县丞等官员，共设了三十一个县；废除旧的井田制度，打破原来的土地疆界；统一斗、桶、权、衡、丈、尺等计量单位。二十一年，公元前348年，改革赋税制度，付诸实行。
十年以后，周显王二十九年，公元前340年，公孙鞅对秦孝公说：“秦国与魏国的关系，就像人有心腹大患，不是魏国吞并秦国，就是秦国攻占魏国。为什么呢？魏国东面是厄岭，建都于安邑城，与秦国以黄河为界，独享崤山以东的地利，强盛时便向西侵入秦国，窘困时便向东收缩自保。现在秦国在您的贤明领导下，国家强盛，而魏国去年大败于齐国，各国都不再与它友好，我们可以乘机攻伐魏国。魏国抵抗不了秦国，必然向东迁徙，秦国便可以据有黄河、崤山之险，向东可以制服各诸侯国。这是帝王之业。”秦孝公听从了公孙鞅的建议，并派他率兵攻打魏国。魏国则派公子魏卬率军抵抗。
两军对垒，公孙鞅派人送信给公子魏卬，说：“当年我在魏国的时候与您交情很好，现在都成为两国的将军，不忍心互相攻杀。我们可以见个面结个盟，畅饮之后罢兵回国，以使秦国、魏国的百姓安定。”魏公子魏卬信以为真，便前来赴会。双方盟誓已毕，正饮酒时，公孙鞅事先埋伏下的甲士冲出来，袭击并俘虏了魏公子魏卬，并乘势攻击魏军，魏军大败。
魏惠王接到报告，十分惊恐，派人向秦国献出河西之地求和。此后，魏国离开安邑，迁都到大梁。魏惠王哀叹说：“后悔当年不听公叔痤之言！”因此，魏惠王也被称为梁惠王。
因公孙鞅的大功，秦孝公践行当时的诺言，把商於地方的十五个城邑封赏给公孙鞅。公孙鞅此后号称商君。
祸不单行的是，这一年，齐国、赵国也联合起来攻打魏国。
也是在这一年，楚宣王去世，其子芈商继位，这就是楚威王。
当年，公孙鞅实行改革时，制订的法律极为严酷。改革初期，太子嬴驷犯法，公孙鞅便将他的老师公子赢虔处刑，割了他的鼻子，将另一个老师公孙赢贾脸上刺字。公子赢虔是秦献公的儿子，曾当过秦孝公太子嬴驷之首傅，是秦献公的弟弟、太子嬴驷的叔叔。在改革过程中，公孙鞅曾亲临渭河处决犯人，血把渭河都染红了。公孙鞅任国相十年，招致了很多人的怨恨。一次，赵良来见公孙鞅。赵良是赢姓赵氏族人，是秦国公族中人。公孙鞅问他：“你看我治理秦国，与当年的五羖大夫百里奚谁更贤明？”赵良说：“千人诺诺，不如一士之谔谔。如果我说实话，您不会怪罪我吧？”公孙鞅说：“请讲吧！”赵良说：“五羖大夫，原是楚国的一个乡野之人，因为秦穆公的提拔，他从一个养牛汉成为万民之上的大夫，无人能及。他在秦国做国相六七年，东伐郑国，三次为晋国扶立国君，一次拯救楚国于危难之中。他做国相，劳累了也不乘车，炎热的夏天也不撑伞盖。他在国中视察，没有车马随从，没有武士开道。五羖大夫死的时候，秦国的男女老少都痛哭流涕，儿童不唱歌，舂米的人不喊号子。现在再来说说您。您当初因为结交景监而成为国相，但您有了权力，就凌辱践踏公族，残害百姓，弄得公子虔被迫杜门不出已经有八年了，您还杀了祝欢，给公孙贾脸上刺字。《诗》说：‘得人者兴，失人者亡。’上述几件事，都不是得人心的事。您出行时，后面的车上载满了带甲的武士，您坐的车上有保镖，还有持矛挥戟的武士开道清障。这些保卫措施缺了一样，您就绝不出行。《尚书》说：‘恃德者昌，恃力者亡。’上述这些件事，都不是以德赢人的行为。您现在就像早晨的露水一样危险，但您却还贪图商於的富庶，掌管秦国朝政，导致百姓积怨。一旦秦王有个三长两短，秦国用来逮捕您的罪名还会少吗？”公孙鞅没有听进去赵良的话，结果，五个月后，大难临头。
周显王三十一年，公元前338年，秦孝公赢渠梁去世，秦惠文王嬴驷即位。公子赢虔等人指控公孙鞅要谋反，派人逮捕他。公孙鞅急忙逃往魏国，魏国人拒不接纳，并把他驱逐回秦国。公孙鞅只好与他的下属来到封地商於，起兵向北攻打郑地。秦国军队攻击公孙鞅，将他斩杀，之后，将他车裂分尸，全家老小也被诛灭。
