Complement(cDNA):mRNA的cDNA，与原来的基因组DNA相同而且无内含子；相反地，对应于在原来基因中没有的而在mRNA存在的3'末端的poly A序列等的核苷序列上，与外显子序列、先导序列以及后续序列等一起反映出mRNA结构。
起始密码子：AUG
终止密码子：UAG，UAA和UGA
起始：ATG,终止：TGA,TAA,TAG，指的是被转录的DNA上与遗传密码相对应的序列。
终止密码: UAG,UAA,UGA是终止密码子。相应的DNA上的终止密码子序列是TAG,TAA,TGA。
只含U的密码子对应的是RNA上的三联密码子，但是往往不是讨论RNA的密码子，讨论的对象往往是DNA序列，故把U换成T就是DNA的起始、终止密码子。
开放阅读框对于基因的发现至关重要，但是目前有关orf的分子生物学定义至少有三种。在分子生物学和生物信息学领域，orf的最佳定义为：由终止密码子与终止密码子所包围的碱基片段（stop/stop codons） [1]。
ORF是分子生物学和生物信息学中的一个基础概念。ORFs的检测是在基因组序列中发现特定蛋白质编码基因的重要一步。orf中的o，或者说open，其意思完整基因中用于蛋白质翻译的“开放”区域；而rf，也即reading frame，是指双链基因序列翻译至氨基酸时的6中可能性之一。
ORF的三种定义
定义1：一个ORF是指一段能够被3整除的序列，并且包含起始密码子和1个终止密码子（start/stop）。
定义2：一个ORF是指一段能够被3整除的序列，以终止密码子为头尾（stop/stop）。
定义3：一个ORF是指一段被受体和供体的剪切位点所分隔的序列。
orf的三种定义
至于为何要选择定义2作为生信领域的最佳选择，请移步文末所列的参考文献[1]，有详细的解释。
orf与基因的关系
orf是完整基因序列的一部分，一个完整基因包括orf序列以及非编码序列。orf可作为一个潜在蛋白质编码基因的指示器，但是预测的orf并不一定是基因。例如，一个典型的细菌基因组中已注释基因的数目远低于ORFs数目，前者约103至104，而后者可达到104至105[2]。很好理解，毕竟ORFs的数目只是统计的潜在的编码基因数目，stop codon与stop codon所包含的区域并不一定能对应已知基因，因此ORFs相较于已知注释基因会更多。
参考文献
[1] Sieber, P., Platzer, M., Schuster, S. 2018. The Definition of Open Reading Frame Revisited. Trends in Genetics, 34(3), 167-170.
[2] Mir, K., Neuhaus, K., Scherer, S., Bossert, M., Schober, S. 2012. Predicting Statistical Properties of Open Reading Frames in Bacterial Genomes. Plos One, 7(9)
作者：杜嘟嘟9527
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来源：简书
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