科学上有许多特定的词语是用来描述生理以及身体的化学变化的。这些词语对科学家而言是相当熟悉的，但对一般人而言，却很容易混淆。因此，必须使这些词语简明清晰，让人们对营养学以及生理学有更深入的了解。
一般人将原子和分子混肴，原子是保持物质化学性质的最小颗粒，可以单独存在，无法再被细分，而分子是保持物质物理性质的最小颗粒，由两个或更多的相同或不相同的原子数组成。举例来说，水分子就是由两个氢原子和一个氧原子组成，而黄金分子是由黄金原子所组成，这种金属可以说是一种纯元素。
地球上存在近百种元素，而人体是由26种元素所组成，其中氧，碳和氢站人体的90%，人体虽只含26种元素，事实上却是由无数个原子聚集而成的。我们以简单的例子来看，葡萄糖分子(血糖)是由六个碳原子，六个氧原子以及12个氢原子所组成的，分子结构为C6H12O6。某些分子也可能由更复杂的形式组成，如蛋白质是有几千个原子以不同的次序串联在一起，并产生直链与螺旋状。
原子非常小，约为1cm的亿分之一。甚至用电子显微镜都无法看到，我们可以用一个简单的图表示出原子的结构，原子的中心带正电荷，四周环境带负电荷的电子，整个结构就像许多行星绕着太阳运转一般，这些“行星”带负电，他们可以脱离“太阳”。而加入另一个星系，或者让出他们原来的轨道，让新进的电子使用，当原子内发生这种情形时，他所带的负电荷便会增加，我们称之为“阴离子”，书写时，他们化学代号并没有改变，所不同的只是在符号右上角加上正和负的符号，表示新的原子琴及其电荷的改变，食盐是我们每日所需的东西，用来示范这种离子的变化是最恰当的了。盐是由氯和纳所组成的化学势为NaC1。假如我们将盐溶在水中，则盐分子会分裂成两个离子，一个为钠离子，一个为氯离子书写成Na和C1。像这样的离子可以导电，所以称为电解质，这种特性对于神经，肌肉，尤其是心脏的功能更是必须的，他们能够改变电压，这种现象经常存在于细胞膜的内外两面，利用电荷的改变，使得电流沿着神经纤维传输，而且这种电流的大小是能够测量的，此种电压的计算单位为毫伏特，虽然比起家用电压小很多，但是电流传导的原理是一样的。
离子可用来计算液体的酸碱值(Ph)。这种酸碱值常用来描述液体的活性，比如血液，尿及胃液等，其值以氢离子(H+)来表示，p h值的范围为1…14，ph值1为酸性最强，ph值14为碱性最强，PH值7为中性。
正常的血液为弱碱性，ph值为7.4，胃在消化时的分泌液ph值为2，是强酸性，尿为弱酸性，ph值约在6左右，但是会因摄取的食物及激烈的运动而影响其酸碱数值。身体中的二氧化碳为影响血液中的酸性，这会在肾脏中通过改变尿液的ph值使血液的ph值调整过来。
我们再来看身体内的离子和分子，如何用不同的方法，跨过不同的屏障，在身体内起反应，这些障碍通常是环绕在细胞外围的细胞膜及四周的微血管壁，当没有屏障时。体液内的物质自然会由高浓度流向低浓度。比如当我们在咖啡中，增加方糖时糖分子便会扩散，使整杯咖啡变甜，这种作用称作为简易扩散。细胞膜则阻挡了这种简易扩散，只让某些分子通过，比如水分子就可以自由穿过细胞组织，可是其他粒子，如糖分子和氨基酸，则仅允许单方向的渗透。如此才能产生屏障的作用，使某一测具高浓度，而水分子则倾向流向高浓度的一侧造成稀释的效果，这种过程称为渗透作用。
渗透作用和扩散作用，在食物以及水进出细胞的运输过程中扮演着重要的角色。但是当我们必须逆向运送时，也就是说要将物质由低浓度的一侧送到高浓度的一侧时，这时就需要外来的协助。他的推力是由一种叫做ATP(三磷酸腺苷)的分子所提供的，通过细胞膜上负责运输的蛋白质以及ATP所提供的能量，可以将食物送过屏障。迷向输送，这种运输方式称为“主动运输”。
