紫茶的本质是一类茶树的变种：种生茶树繁殖的授粉过程中，胚体携带了部分母株的基因，花粉携带了来自不同父株的基因，结合形成的种子就有各自的不同基因组合，于是产生了下一代茶树红叶、绿叶，大叶、小叶，圆叶、长叶，疏齿、密齿等变异。
云南有大量颜色变异的茶树，而且每株茶树的性状、口感都不一样。通常茶树变异的颜色有紫红色、黄色、白色等，而以紫红色居多。物种的变异可能朝向两个方向，可能某些品质会变好，同样也可能会变坏。
“紫茶”或“紫芽”这个称呼，是茶区中约定俗成的一种叫法，并没有科学的划分或依据。通常紫茶只是在嫩叶初发时呈现紫红色，开展到三、四叶后就会恢复绿色。
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