获得DNA的反向(互补)序列

本方法依赖于emboss,安装方法:

如果未安装
conda install -c bioconda emboss
vi test.fa
>123
AGCTAGCTAAAA
>456
AAAATTTTCCCC

使用方法:

反向互补:
revseq -sequence test.fa -outseq output.fa -notag

cat output.fa
>123
TTTTAGCTAGCT
>456
GGGGAAAATTTT
反向不互补:
revseq -sequence test.fa -outseq output.fa -notag -nocomplement

cat output.fa
>123
AAAATCGATCGA
>456
CCCCTTTTAAAA

互补不反向:
revseq -sequence test.fa -outseq output.fa -notag -noreverse

cat output.fa
>123
TCGATCGATTTT
>456
TTTTAAAAGGGG
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