Author：ligc
Date：19/5/15
下载index
进入hisat官网http://ccb.jhu.edu/software/hisat2/faq.shtml，找到对应物种的基因组index
mm10_index
或者通过hisat2-build自己构建index。
hisat2-build -p 40 ~/AKAP95_rna_seq/reference/mm10_genome/mm10.fa mm10
hisat2比对
for i in `seq 59 62`
do
nohup hisat2 -t -p 40 -x ~/AKAP95_rna_seq/reference/index/mm10/genome \
-1 ~/AKAP95_rna_seq/raw_data/SRR35899${i}.sra_1.fastq.gz \
-2 ~/AKAP95_rna_seq/raw_data/SRR35899${i}.sra_2.fastq.gz \
-S ~/AKAP95_rna_seq/alignment/SRR35899${i}.sam &
done
samtools
用于处理SAM、BAM文件
- view: BAM-SAM/SAM-BAM 转换和提取部分比对
- sort: 比对排序
- merge: 聚合多个排序比对
- index: 索引排序比对
-
tview: 文本格式查看序列
hisat2_result
for i in `seq 59 62 `
do
samtools view -@ 30 SRR35899${i}.sam -b -o SRR35899${i}.bam
samtools sort -@ 30 SRR35899${i}.bam -o SRR35899${i}.sorted.bam
samtools index -@ 30 SRR35899${i}.sorted.bam
done
head -n 1000 SRR3589959.sam >test.sam
samtools view test.sam |less -S
SAM
samtools sort test.bam -o test.sorted.bam
samtools view test.sorted.bam |less -S
image.png
提取特定染色体区域的reads
samtools view SRR3589959.sorted.bam chr1:3000464-3151858 |less -S
