一：下载安装

Pfam软件下载地址
下载对应数据地址
下载三个：
Pfam-A.hmm.dat.gz
Pfam-A.hmm.gz
active_site.dat.gz
最新版的Pfam数据库不再有Pfam-B了，所有直接下载Pfam-A.hmm，Pfam-A.hmm.dat 和active_site.dat，下载完成后解压所下载文件：gunzip Pfam-A.hmm.gz Pfam-A.hmm.dat.gz active_site.dat.gz

Pfam下载文件

二：通过hmmerspress格式化Pfam数据库

$hmmpress Pfam-A.hmm

格式化数据库

三：运行程序

查看一下帮助文档

nohup pfam_scan.pl -fasta /your_path/masp.protein.fasta -dir /your_path/PfamScan/Pfam_data -outfile masp_pfam -cpu 16 &

四：结果格式

输出结果

pfamscan蛋白结构域部分分析结果说明如下:
(1) seq_id：转录本ID+[0,1,2]，不存在于列表中的转录本为noncoding
(2) hmm start：比对到结构域的起始位置
(3) hmm end：比对到结构域的终止位置
(4) hmm acc：比对到pfam结构域的ID
(5) hmm name：pfam结构域名称
(6) hmm length：pfam结构域的长度
(7) bit score：比对打分分值
(8) E-value：比对的E值，pfam结构域筛选的条件是: Evalue < 0.001