承启生物云平台Chi-Biocloud （https://cloud.chi-biotech.com:8443/） 致力于为客户提供快速、无需代码、免费的线上云分析体验，承启生物云平台目前拥有50+免费在线云工具。
针对组学常见的差异+富集分析，承启生物云平台可以提供全套流程的在线分析云工具，助力客户个性化完成差异分析+富集分析的数据分析和图片绘制，接下来，就由小编给大家一一介绍他们的使用攻略吧。
差异分析
转录组差异分析是通过比较不同条件（如疾病vs健康）下基因的表达水平，运用统计方法找出表达量发生显著变化的基因，并计算出其变化倍数和显著性，从而筛选出与表型差异最相关的候选基因，为后续深入探索其生物学功能提供关键目标列表的核心分析方法。云工具提供edgeR和DEseq2两种差异分析方法。
1. 选择需要绘制的基因定量结果原始count文件（不可使用TPM/FPKM已矫正的定量文件）
2. 另存为文本文件（制表符分割）
3. 点击选择，选择原始数据文件上传
4. 上传完成后，手动勾选实验组和对照组样本（默认流程为对照组上调基因认为差异上调基因），随后选择差异分析软件（若差异比较组无生物学重复，例如1vs1，只可选择edgeR方法，DEseq2需要比较组存在生物学重复），显著性检验可设置P值/padj值小于X的认为是显著基因，padj为多重校验P值，筛选条件更严格，X常选0.05、0.01等。差异倍数（logFC）为对差异倍数取log2的对数值，当logFC=1.0时，表示差异倍数大于2或小于0.05。
5. 点击一键下载，会将差分析表格和差异分析火山图打包下载至本地
火山图（volcano）
火山图是转录组分析中一种独特的散点图，它能同时展示成千上万个基因在两组样本（如疾病组vs 对照组）间的表达变化幅度和统计显著性。图中每个点代表一个基因，其X轴位置（通常为log2(FC)）显示该基因表达量上调还是下调以及变化多大，而Y轴位置（通常为-log10(pvalue)）则反映该变化是否足够显著。通过这种方式，那些表达量变化巨大且统计学上高度显著的基因（即潜在的关键基因）便会像“火山喷发物”一样分布在图的两侧顶部，一目了然，从而帮助研究者快速锁定重要的差异表达基因用于后续研究。
操作说明
1. 选择需要绘制的比较组分析结果原始文件（需要包括基因名、logFC、Pvalue、FDR、stat列）
2.另存为文本文件（制表符分割）
3. 点击选择，选择修改好的原始数据文件上传
4. 设置需要的火山图图片参数，其中P值默认筛选小于此阈值的点，logFC为对差异倍数取log2的值，点击颜色条还可以修改差异上调/下调/不显著的基因点颜色，其余参数客户可根据需求自行调整。
5. 点击开始分析，稍等1-2分钟，网页右端即可输出图片，点击一键下载即可下载生成的图片原图至本地，或点击下载图片可只下载对应的图片。
富集分析
富集分析是在差异分析获得了一批关键基因列表后，进一步探究这些基因是否在特定的生物学功能、信号通路或疾病中发生集中性关联的统计方法。其核心思想是检验我们感兴趣的基因集（如差异表达基因）是否在某个已知的基因功能集中（如某个KEGG通路或GO条目）显著过量出现，从而将简单的基因列表转化为具有生物学意义的解释，揭示其背后潜在的协同作用机制。此处以GO富集分析工具举例。
1.选择需要分析的差异基因列表，如下图所示（承启转录组分析默认使用P值小于0.05，|logFC|>1的那些基因，此范围客户可自行筛选），富集分析对基因数有要求，若客户富集分析的基因数少于20-30个可能由于无结果输出导致分析报错。
2. 另存为文本文件（制表符分割）
3. 点击选择，选择原始数据文件上传，同时选择对应的物种信息（若客户目标物种不在此列表，可联系云平台后端进行添加）
4. 此处可以调整输出的富集分析柱状图、气泡图、三合一柱状图的颜色和高度
5. 点击开始分析，稍等1-2分钟，网页右端即可输出图片，点击一键下载，会将富集分析表格和富集分析图片打包下载至本地
富集分析气泡图
富集分析气泡图是一种用于直观展示基因富集分析结果的图表，它能同时呈现多个功能条目（如KEGG通路或GO术语）的统计显著性和生物学重要性。图中每个气泡代表一个功能条目，其Y轴位置通常是条目名称，X轴是富集因子，反映富集强度；气泡的大小通常代表该条目中差异表达基因的数量，而气泡的颜色则代表富集的统计学显著性。通过这种多维度的展示，研究者可以快速识别出最相关、最显著的功能类别，从而理解差异表达基因可能参与的生物学过程，是解读高通量数据背后生物学意义的重要工具。
操作说明
1.选择已分析好的富集分析原始数据表格（不同组学在分析结果中的Enrichment文件夹中），若需要指定绘制的通路，可自行删除其他不需要的通路富集结果
2.另存为文本文件（制表符分割）
3. 点击选择，选择修改好的原始数据文件上传
4. 设置绘图参数，数据类型选择对应的富集分析结果数据库，以及需要绘制的通路数，显著性可选择pvalue和adjust pvalue（默认使用pvalue）
5.点击开始分析，稍等1-2分钟，网页右端即可输出图片，点击一键下载即可下载生成的图片原图至本地，或点击下载图片可只下载对应的图片。
富集分析圈图
富集分析圈图是一种用于展示基因富集分析结果的多层环形可视化图表。它通过环状布局，将富集分析结果中的多个维度的信息（如功能类别、统计显著性、基因表达变化等）高效地整合在一张图中，帮助研究者快速识别出最具有生物学意义的功能或通路
1.选择已分析好的富集分析原始数据表格和差异分析原始表格（不同组学在分析结果中的Enrichment文件夹中），若需要指定绘制的通路，可自行删除其他不需要的通路富集结果
2.另存为文本文件（制表符分割）
3.点击选择，选择修改好的对应原始数据文件上传
4. 选择需要绘制的通路数量，做图行数表示选择在P值/Q值最小的前X条通路，P值或Q值做图为选择筛选的显著性检验值，Q值为多重校验P值，筛选条件更严格。
5. 点击开始分析，稍等1-2分钟，网页右端即可输出图片，点击一键下载即可下载生成的图片原图至本地。
公司介绍
深圳承启生物科技有限公司，是一家汇集世界先进科研成果、立足珠三角地区、辐射全球的高科技生物公司。拥有自主研发、已被学术界公认的高精度基因测序分析算法，建立了国内第一个全自主基因检测流程，拥有一套横跨核酸组、蛋白质组、代谢组的完整组学质控体系，提供基因组、转录组、蛋白质组、代谢组、翻译组以及单细胞、空间、外泌体等全面组学技术服务。致力于用更专业、更准确的基因研究技术造福科研及医疗。
