乳腺上皮细胞(MEC)系统是由管腔和基底细胞组成的双膜导管上皮，由干细胞和祖细胞群维持。在这里，我们使用整合的单细胞转录-脚本组学和染色质可及性分析，以无偏见的方式重建小鼠MEC系统的细胞类型及其潜在的基因调控特征。我们定义了分泌型管腔细胞的分化状态，它形成了连续的一般管腔祖细胞和泌乳祖细胞。通过整合单细胞转录组和染色质可及性景观，我们识别出在特定上皮细胞类型和我们新定义的管腔分化状态中被不同激活的cis-和trans-regulatory元件。我们的工作为揭示与MEC身份和分化相关的cis/trans-regulatory elements提供了资源，这将作为确定乳腺癌期间染色质可达性景观如何变化的参考。
