今日主要任务：学习配制Conda系统；学习利用Conda安装软件

Conda系统的配制与安装

1 何为Conda？

Conda是一个开源软件包与环境管理系统，用于安装多个版本的软件包及其依赖关系。
本次安装小而精的miniconda，适用于python环境管理

2 安装miniconda

1.搜索清华镜像源：
[清华源]（https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/）
2.查看linux系统配置
uname -a
3.用Linux配置miniconda
下载miniconda脚本
wget https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
安装脚本
bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
激活脚本
source ~/.bashrc
4.更改镜像源
将conda镜像源从国外改至清华源，执行以下代码：

更改默认设置——增加渠道
conda config --add channels
https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
确认更改成功
conda config --set show_channel_urls yes

5.实践——用miniconda安装fastqc
从镜像库中寻找所有相关文件及版本
conda search fastqc
conda install (-y) fastqc
6.提升——环境配置
用于管理不同任务下多版本软件
conda info --envs 查看已有环境
conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
创建一名为rna-seq的虚拟环境，python版本为3，包含fastqc与trimmomatic两个软件
conda activate rna-seq 初次使用时，激活环境；进入环境
conda deactivate rna-seq 退出环境
conda remove -n rna-seq 删除环境