【request爬虫3】批量爬取Cell Blast

特别声明:

  1. 供交流学习使用,不得用作商业用途。
  2. 如有违规侵权,请联系删除。
import requests
# from pyquery import PyQuery as pq
import time
import json
import sys
import os
import re

# 设置数据保存路径 & 请求网址
wd = r'/share/disk1/Data/Users/luohb/spider/Cell_BLAST/result/'
url='https://cblast.gao-lab.org/datasets_meta'

# 网站请求获取 Json 数据
headers = {
    'Accept': 'application/json, text/plain, */*',
    'Accept-Encoding': 'gzip, deflate',
    'Accept-Language': 'zh-CN,zh;q=0.9,en;q=0.8,ja;q=0.7',
    'Connection': 'keep-alive',
    'User-Agent': 'Mozilla/5.0 (Windows NT 10.0; Win64; x64) AppleWebKit/537.36 (KHTML, like Gecko) Chrome/80.0.3987.122 Safari/537.36'
}

try:
    res = requests.post(url=url, headers=headers)
    print(res.status_code)
    # print(res.text)
except Exception:
    print('request fail...please check!')

# Json文件解析
i = 0
json_list = json.loads(res.text)
for item in json_list:
    time.sleep(2)  #避免请求异常导致爬取过快
    try:
        dataset_name = str(item['dataset_name'].replace(' ', '_'))
        organism = str(item['organism'].replace(' ', '_'))
        organ = str(item['organ'].replace(' ', '_'))
        platform = str(item['platform'])
        cell_number = str(item['cell_number'])
        visualization = list(item['visualization'].split(','))
        i += 1
    except KeyError:
        print('item {} has key error, please check!'.format(i))
    
    #create & change directory
    dir_name = '-'.join([dataset_name, organism, organ, platform, cell_number])
    path = os.path.join(wd, dir_name)
    os.mkdir(path)
    os.chdir(path)
    print(os.getcwd())

    #download h5file
    h5_url = 'https://cblast.gao-lab.org/{name}/{name}.h5'.format(name=dataset_name)
    # print(h5_url)
    os.system('wget {}'.format(h5_url))

    #download SVG file
    for viz in visualization:
        viz = viz.strip()
        svg_path = 'https://cblast.gao-lab.org/{name}/{svg_type}'.format(name=dataset_name, svg_type=viz)
        print(svg_path)
        os.system('wget {}'.format(svg_path))
©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
  • 序言:七十年代末,一起剥皮案震惊了整个滨河市,随后出现的几起案子,更是在滨河造成了极大的恐慌,老刑警刘岩,带你破解...
    沈念sama阅读 212,332评论 6 493
  • 序言:滨河连续发生了三起死亡事件,死亡现场离奇诡异,居然都是意外死亡,警方通过查阅死者的电脑和手机,发现死者居然都...
    沈念sama阅读 90,508评论 3 385
  • 文/潘晓璐 我一进店门,熙熙楼的掌柜王于贵愁眉苦脸地迎上来,“玉大人,你说我怎么就摊上这事。” “怎么了?”我有些...
    开封第一讲书人阅读 157,812评论 0 348
  • 文/不坏的土叔 我叫张陵,是天一观的道长。 经常有香客问我,道长,这世上最难降的妖魔是什么? 我笑而不...
    开封第一讲书人阅读 56,607评论 1 284
  • 正文 为了忘掉前任,我火速办了婚礼,结果婚礼上,老公的妹妹穿的比我还像新娘。我一直安慰自己,他们只是感情好,可当我...
    茶点故事阅读 65,728评论 6 386
  • 文/花漫 我一把揭开白布。 她就那样静静地躺着,像睡着了一般。 火红的嫁衣衬着肌肤如雪。 梳的纹丝不乱的头发上,一...
    开封第一讲书人阅读 49,919评论 1 290
  • 那天,我揣着相机与录音,去河边找鬼。 笑死,一个胖子当着我的面吹牛,可吹牛的内容都是我干的。 我是一名探鬼主播,决...
    沈念sama阅读 39,071评论 3 410
  • 文/苍兰香墨 我猛地睁开眼,长吁一口气:“原来是场噩梦啊……” “哼!你这毒妇竟也来了?” 一声冷哼从身侧响起,我...
    开封第一讲书人阅读 37,802评论 0 268
  • 序言:老挝万荣一对情侣失踪,失踪者是张志新(化名)和其女友刘颖,没想到半个月后,有当地人在树林里发现了一具尸体,经...
    沈念sama阅读 44,256评论 1 303
  • 正文 独居荒郊野岭守林人离奇死亡,尸身上长有42处带血的脓包…… 初始之章·张勋 以下内容为张勋视角 年9月15日...
    茶点故事阅读 36,576评论 2 327
  • 正文 我和宋清朗相恋三年,在试婚纱的时候发现自己被绿了。 大学时的朋友给我发了我未婚夫和他白月光在一起吃饭的照片。...
    茶点故事阅读 38,712评论 1 341
  • 序言:一个原本活蹦乱跳的男人离奇死亡,死状恐怖,灵堂内的尸体忽然破棺而出,到底是诈尸还是另有隐情,我是刑警宁泽,带...
    沈念sama阅读 34,389评论 4 332
  • 正文 年R本政府宣布,位于F岛的核电站,受9级特大地震影响,放射性物质发生泄漏。R本人自食恶果不足惜,却给世界环境...
    茶点故事阅读 40,032评论 3 316
  • 文/蒙蒙 一、第九天 我趴在偏房一处隐蔽的房顶上张望。 院中可真热闹,春花似锦、人声如沸。这庄子的主人今日做“春日...
    开封第一讲书人阅读 30,798评论 0 21
  • 文/苍兰香墨 我抬头看了看天上的太阳。三九已至,却和暖如春,着一层夹袄步出监牢的瞬间,已是汗流浃背。 一阵脚步声响...
    开封第一讲书人阅读 32,026评论 1 266
  • 我被黑心中介骗来泰国打工, 没想到刚下飞机就差点儿被人妖公主榨干…… 1. 我叫王不留,地道东北人。 一个月前我还...
    沈念sama阅读 46,473评论 2 360
  • 正文 我出身青楼,却偏偏与公主长得像,于是被迫代替她去往敌国和亲。 传闻我的和亲对象是个残疾皇子,可洞房花烛夜当晚...
    茶点故事阅读 43,606评论 2 350

推荐阅读更多精彩内容