The re-squiggle algorithm aligns raw signal (electric current nanopore measurements) to reference genomic or transcriptomic sequence.

re-squiggle算法的主要假设之一是提供的reference sequence是正确的。因此，对于poorly assembled reference或不同样品，an assembly polishing step（可能来自相同的数据/样品）可能会改善结果。

re-squiggle命令将向提供的read files（FAST5格式）添加信息（the mapped reference location and the raw signal to sequence assignment），并生成索引文件，以便在下游命令中更有效地访问文件。

NOTES:
在Tombo命令进行任何进一步处理之前，必须运行resquiggle命令。
注：Tombo目前包括DNA或RNA数据的默认canonical models（支持R9.4和R9.5；1D和1D^2；R9.*.1 chemistries）。目前不支持分析其他纳米孔数据类型（例如R7数据）。如果未明确指定DNA或RNA样本类型（通过--DNA或--RNA选项），将从raw read files中自动检测样本类型。

纳米孔read产生的电流信号数据称为squiggle(波形)。与参考序列相比， Base calling此波形信息通常包含一些错误。 re-squiggle算法定义了从波形（squiggle）到reference sequence的新分配（比对），因此称为 re-squiggle。

re-squiggle算法是Tombo框架的基础。re-squiggle算法将包含raw signal和相关base calls的read文件（FAST5格式）作为输入。base calls映射到基因组或转录组参考，然后根据expected current level model 将原始信号分配给参考序列。

TL；DR：

1.在modified base检测或其他tombo命令之前，tombo resquiggle命令必须在reads上运行。

2.必须提供包含FAST5 reads文件和基因组/转录组参考的目录。

3.参考序列可能是先前已知的或从该样本中发现的。

4.重要的是，假设参考序列是正确的，因此polishing以创建个性化参考可能会提高性能，特别是对于不同的样本或组装不良的ref。

5.Raw read FAST5文件必须包含basecalls。

6.使用tombo preprocess annotate_raw_with_FASTQs命令将一组FASTQs的basecall添加到raw read files中。

7.read files不需要包含Events数据（作为来自albacore的fast5模式输出）。

8.Tombo目前只支持DNA和RNA数据（包括R9.4和R9.5；1D和1D2数据；R9.*.1化学）。其他数据可能产生次优结果（例如R9.0或R7数据）。

9.DNA和RNA reads将被自动检测并相应地处理（显式设置为--DNA或--RNA）。

10.Tombo不执行spliced mapping。因此，必须将spliced mapping传递给RNA样本的re-squiggle命令。有关Tombo RNA处理的更多详细信息，请参阅RNA处理部分。

11.使用--processes选项在多个核上运行tombo resquiggle 。