本文较长，将遇到问题过程写了进来，请耐心观看。
此类问题百度了很久，暂无详细教程，因此做了一回吃螃蟹的人。

【一】

以下报错你肯定很纠结吧：
【01】rownames(design)=colnames(mRNAdata)

错误01

【02】row.names(mRNAdata) <- mRNAdata[, 1]
Error in .rowNamesDF<-(x, value = value) : 不允许有重复的'row.names'
此外: Warning message:
non-unique values when setting 'row.names': ‘MATR3’, ‘PINX1’, ‘SIGLEC5’, ‘TMSB15B’

错误02

【03】rownames(mRNAdata)<- mRNAdata[,1]
Error in .rowNamesDF<-(x, value = value) : 'row.names'里不允许有遗漏值

错误03

【二】

一般的生信分析步骤是这样的：
数据库下载→数据整理【ID转换，GTF文件筛选出需要的基因等】→差异分析DEG→差异分析可视化【PCA，箱式图，火山图，热图......】→各种操作。。。。。。

巧了，今天又碰到钉子了。
进行DEG分析的时候，发现常规代码不能运行。

group_list=ifelse(as.numeric(substr(colnames(mRNAdata),14,15)) < 10,'tumor','normal')
design <- model.matrix(~0+factor(group_list))
colnames(design)=levels(factor(group_list))
rownames(design)=colnames(mRNAdata)
design

rownames(design)=colnames(mRNAdata):【此代码运行出错】

image.png

以为是运行的代码有问题，对比其他代码，大同小异。

那就是数据处理有问题。

仔细对比自己数据和教程数据：

image.png

image.png

看出了区别吗？区别就在红色方框部分。
找到问题那就简单了：

row.names(mRNAdata) <- mRNAdata[, 1]
mRNAdata <- mRNAdata[, -1]

再次报错：

image.png

这里是需要去除重复值吗？：

#去除重复着代码：
index <- duplicated(d$gene_name)
table(index)
d <- d[!index,]
rownames(d) <- d$gene_name
d$gene_name <- NULL


#或者这样的代码：
mRNAdata=distinct(d,gene_name,.keep_all = T)

可是还是报错。

回到点，我们是要干嘛？把gene_name变成行名。
以前使用代码时候没有出错。

难道是DEG分析包错误？我一般习惯用limma包。没办法，换成了熟悉的DESeq包。再次分析。

rm(list = ls())  
load("mRNA_exprSet_dds_sample.Rdata")
res <- results(dds, tidy=TRUE) #获取结果
res <- as_tibble(res)

require(dplyr)
res <- res %>%
  separate(row,c("symbol","ensemble","genetype"),sep = " \\| ") %>%
  dplyr::select(- c(ensemble,genetype)) %>%
  arrange(desc(abs(log2FoldChange))) %>% #排序。为了去重
  distinct(symbol,.keep_all = TRUE) %>%
  arrange(desc(log2FoldChange))#再次按照log2FoldChange从大到小排序

save(res,file = "result.Rda")
res

然而，还是出问题了。每次都是在【把gene_name变成行名。】这个地方出问题。

看来跟包没关系。
图片展示：

这里同样的，需要把symbol变成行名

查看此处错误，再次百度。

row.names(res) <- res[, 1]
Error in `.rowNamesDF<-`(x, value = value) : 'row.names'的长度不对
此外: Warning message:
Setting row names on a tibble is deprecated. 

image.png

【三】

tibble is deprecated. 这是个啥？百度。
离真相越来越近了，自己却浑然不知。
百度看了几个答案后，大概明白了，是tidyverse这个包出问题了。查看
https://github.com/tidyverse/tibble/issues/288这个网址，原来是开发包的人在搞事情。他把这个包的部分功能给GG了。

事已至此，找到真凶。可是既然不能用，怎么才能实现我们想要的功能呢？

再次百度。某乎有个回答。大概内容就是，先将数据保存为“.CVS”格式，然后Excel打开，然后借助Excel的功能，直接将“symbol”设置成行名。
https://zhuanlan.zhihu.com/p/404403216。

数据稍小可以，大数据的时候崩了怎么办？
还得R出手吧！

再次百度寻求答案。
https://github.com/tidyverse/tibble/issues/288里面有答案。
最终解决方法如下：【需手动设置】

rownames(res)=as.vector(as.matrix(res[,1]))

image.png

 class(res$symbol)
[1] "character"

image.png

【03】rownames(mRNAdata)<- mRNAdata[,1]
Error in .rowNamesDF<-(x, value = value) : 'row.names'里不允许有遗漏值

错误03

#这里报错，有遗漏值。因此进行一下操作。
sum(is.na(mRNAdata$gene_name))
which(is.na(mRNAdata$gene_name))
mRNAdata<-mRNAdata[-203,]
sum(is.na(mRNAdata$gene_name))

image.png

大功告成。

【四】

总结一下：
由于包的缘故，导致rownames调用失败。所以这个地方报错。其实仔细观察报错截图，每次都有rownames他的身影。

gene_name有时候会出现NA。需要去除后在分析。

温馨提示：表达矩阵的第一列是样品还是基因名，如果第一列是基因名，要把第一列设置成为行名，不然只有的差异分析会出错。

因此，学会了吗？解决不容易，请点赞，收藏，评论等，文明三连，拒绝白嫖。