- highly efficient assembler of RNA-Seq alignments into potential transcripts
1. 基本代码
stringtie [-o <output.gtf>] [other_options] <read_alignments.bam>
输入：SAM, BAM or CRAM file with RNA-Seq read alignments sorted by their genomic location
输出：GTF
2. 大致的选项:
-h/--help：Prints help message and exits
--version：Prints version and exits
-L：long reads processing mode
--mix：mixed reads processing mode
-e：expression estimate mode，仅计算-G提供的参考本的表达量
-v：verbose mode
-o：输出的GTF文件名
-p：多线程
-G：提供参考转录本
--rf：
--fr：
--ptf：点特征文件，点特征包括转录起始位点（TSS）和polyA
-l：输出转录本的前缀，默认STRG
-f：设置少见变体的最小占比。占比越小，越可能时误差导致的
-m：转录本最小长度
-A：
-C：输出-G提供的参考本的GTF文件
-a：spliced reads在连接点两端的碱基数目要高于一定量
-j：连接点需要一定数目的reads
-t：关闭裁剪两端序列
-c：最小read覆盖率，默认1
-s：对于单外显子转录本的最小read覆盖率，默认4.75
--conservative：保守模式，等同于-t -c 1.5 -f 0.05
-g：最小gap长度，小于该值的reads会被融合，默认50bp
-B：输出output of Ballgown input table files (*.ctab) containing coverage data for the reference transcripts given with the -G option
-b：可接输出ctab文件的路径，最好与-e合用，不然会产生预测的转租本
-M：
-x：忽略匹配到指定参考本上的reads，可以是参考序列名
-u：关闭多位点匹配校正，默认如果一个read匹配到多个位置，哪个这个read的贡献读就平摊
--ref/--cram-ref：
--merge：Transcript merge mode，与以上的组装模式不同。输入GTF/GFF文件，产生a uniform set of transcripts for all samples. Output is a merged GTF file with all merged gene models, but without any numeric results on coverage, FPKM, and TPM. Then, with this merged GTF, StringTie can re-estimate abundances by running it again with the -e option on the original set of alignment files, as illustrated in the figure below.可借助-G的参考本
3. 输入
3.1. 输入必须是sorted，TopHat的输出是sorted，但其他的不是，可samtools sort
3.2. 输入序列要有tag表明是参考序列，TopHat与HISAT2会自动添加，STAR需要--outSAMstrandField intronMotif。对于长reads比对minimap2，需-ax splice
3.3. 主要的输入参数有-L，-mix，-G，-e
4. 输出
4.1. GTF文件：主要包含组装的转录本，包含9列信息
4.2. 基因丰富度文件：-A选项输出
4.3. Fully covered transcripts：-G选项输出
GTF文件，a file with all the transcripts in the reference annotation that are fully covered, end to end, by reads
4.4. Ballgown Input Table Files
4.5. Merged GTF
