Bowtie的中文意思是：领结，蝴蝶结
Bowtie2是比对软件Bowtie的第二版本，主要改进了支持gap比对。
Bowtie2用户手册：
http://bowtie-bio.sourceforge.net/bowtie2/manual.shtml
在看比对结果前需要了解三个概念：
1. Aligned concordantly 合理比对
主要和比对参数：--fr/--rf/--ff 有关，默认是：--fr
在参数--fr下：前两种比对就是合理比对，也即：concordantly，后两种比对会成为不合理比对，也即：aligned discordantly，如果两个reads距离太远也会成为不合理比对。
2. Multiple alignments 多重比对
定义：一对reads/一个pair比对上genome的多个位置，也即：aligned >1 times 或是aligned concordantly >1 times，这对reads/这个pair就会成为多重比对。相对应的就是 unique比对，也即：aligned exactly 1 time 或是：aligned concordantly exactly 1 time。
这里 bowtie2的默认参数是：
Default mode: search for multiple alignments, report the best one,也即是：多重比对，只取最好的那个alignment。
3. Bowtie2在双端比对下：
如果一对reads/一个pair没有比对上任何地方，也即 aligned concordantly 0 times，那么就将这个pair拆分成两个single-end reads来进行比对。
官网给出的比对Summary示例如下：
Alignment summary
# 单端比对：
For datasets consisting of unpaired reads, the summary might look like this:
20000 reads; of these: 20000 (100.00%) were unpaired; of these: 1247 (6.24%) aligned 0 times 18739 (93.69%) aligned exactly 1 time 14 (0.07%) aligned >1 times93.77% overall alignment rate
# 翻译下即：
检测到20000条reads;
其中，
20000条reads都是unpaired也即单端数据；
其中，
1247条reads一次没比对上；
18937条reads只比对上一次；
14条reads比对多于一次；
总共的比对率是：(18739+14)/20000=93.77%
# 双端比对：
For datasets consisting of pairs, the summary might look like this:
10000reads; of these:10000(100.00%) were paired; of these:650(6.50%) aligned concordantly 0 times8823(88.23%) aligned concordantly exactly 1 time527(5.27%) aligned concordantly >1 times----650pairs aligned concordantly 0 times; of these:34(5.23%) aligned discordantly 1 time----616pairs aligned 0 times concordantly or discordantly; of these:1232mates make up the pairs; of these:660(53.57%) aligned 0 times571(46.35%) aligned exactly 1 time1(0.08%) aligned >1 times96.70%overall alignment rate
# 翻译下即：
检测到10000个pairs,也即20000条reads;
其中，
10000个pairs都是paired也即双端数据；
其中，
650个pairs没有合理比对上；
8823个pairs只合理比对上一次；
527个pairs合理比对多于一次；
在650个pairs没有合理比对上的pairs中：
34个pairs可以不合理比对上一次；
剩下的616个pairs，也即1232条reads中：
660条reads没有比对上；
571条reads可以比对上一次；
1条read比对多于1次；
总共的比对率是：(8823*2+527*2+34*2+571+1)/20000=96.7%
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