TargetAmp单细胞RNAseq测序原理

陈魏学基因系列视频- 单细胞RNAseq测序原理2 笔记

  • 该方法的优势是：利用转录实现cDNA的扩增（每一轮转录可以扩大几千倍，两轮扩增达到几百万倍），避免使用PCR扩增带来的PCR偏差（不同扩增子间扩增效率差异随着循环达到几十次而达到指数级别）

具体流程如下

TargetAmp法流程图
step 1：逆转录起始引物5'端是T7启动子序列，3'端是Oligo dT(结合mRNA polyA尾巴)，用于得到cDNA的第一链

step 2: cDNA的第一链上引入T7启动子，并用RNase H消化mRNA链

step 3: 合成cDNA的第二链

step 4：用T7启动子和合成的双链cDNA转录出大量anti-sense RNA；再用纯化过的aRNA和随即引物通过逆转录合成新的cDNA

step 5: 用T7-Oligo dT引物进行step 1～3

step 6: 用得到的双链cDNA进行step 4，得到第二轮的aRNA(可以达到微克级别，再经过一轮逆转录就可以得到几微克的cDNA，用于建库测序)
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