1,为什么读取数据时要加上options(stringsAsFactors = F) ,否则总报错?
R语言是不太喜欢因子(factor)这类数据的,用的多的多半是向量,矩阵,数据框,列表。目前只遇到过limma计算差异基因时,分组信息需要的输入文件是factor。
2,TCGA样本名,明明输入之前是TCGA-06-0675,读入数据后却变成了TCGA.06.0675,“-”变".",怎么办?
读入数据时加上参数:read.table("zz.txt",check.names = F)。让它不要检查我的行名,就OK啦!
3,读取文件时出现报错:
Error in scan(file = file, what = what, sep = sep, quote = quote, dec = dec, : line 31 did not have 2 elements
加上comment.char="!" #将以!为开头的注释内容去掉。read.table("zz.txt",comment.char="!")