UCSCXenaShiny实现基因表达的Pancer(泛癌）展示

UCSCXenaShiny包由我和几位小伙伴共同开发，如果对您有帮助请致谢我们，并引用我们的R包，有什么问题也可以给我们反馈。
网址为https://github.com/openbiox/XenaShiny

Github

这个教程用于实现Tumor (TCGA)和Normal (GTEx)基因表达的比较

  1. 下载开发版本的R包
remotes::install_github("openbiox/XenaShiny")

注意更新所有的R包

  1. 运行
library(UCSCXenaShiny)
app_run()

之后会在浏览器中出现Shiny的主界面
进入Modules中的Visualization

界面

输入感兴趣的基因就可以了
我们提供了多种展示功能，可以实现箱型图，并实现统计检验（Mann-Whitney U test, Tumor vs normal）
注：

  1. 这个过程因为实时下载，所以速度会有一些慢。
  2. 必须同时打开show P value和Show P label开关才能看到P值标注。

  3. 单位为 log2(tpm+0.001)。


    展示
©著作权归作者所有,转载或内容合作请联系作者
平台声明：文章内容（如有图片或视频亦包括在内）由作者上传并发布，文章内容仅代表作者本人观点，简书系信息发布平台，仅提供信息存储服务。

推荐阅读更多精彩内容