用R语言的TCGA2STAT 包下载TCGA数据,在windows下发生错误。
> library(TCGA2STAT)
> #-- Default: Get only the omics-profiles, for example RNA-SeqV2
> ACC.ov <- getTCGA(disease="ACC", data.type="RNASeq2")
Error: TAR is not installed in the system. Data unzip failed.
在谷歌查到,需要安装Cygwin,便立马按照文档的指示来下载安装,当安装Cygwin,需要选择下载镜像,列表中给出的镜像多是国外的,在大中国下载会很慢或报错。于是谷歌了各种方法,发现还是网易提供的镜像快、稳定。
在User URL 中输入 http://mirrors.163.com/cygwin/ 点击Add 将链接添加到列表框中,然后选中,点击Next。
注:在下载包时,若是出现某个包下载中断,会提示是否重试,选择否也不妨碍安装。