学习小组Day3笔记-FoMo

下载Conda

1. 谷歌搜索：miniconda 清华，进入https://mirror.tuna.tsinghua.edu.cn/help/anaconda/
2. 找到Miniconda，进入https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/miniconda/
3. 查看服务器是多少位的：输入命令 uname -a
4. 网页往下拉，安装对应位数的最新版本（latest）

5. 右键-复制链接地址

6. 连接Linux，新建biosoft目录，并进入
7. wget 复制的链接

安装Conda

1. bash Miniconda3-latest-Linux-x86_64.sh
2. source ~/.bashrc ：激活conda

添加镜像

conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/pkgs/free
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/conda-forge
conda config --add channels https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/anaconda/cloud/bioconda
conda config --set show_channel_urls yes

使用Conda

• conda list ：查看当前所有软件列表
• conda search 软件名：如conda search fastqc（搜索数据质控软件fastqc）
• 安装软件
  • conda install 软件名 -y -y 表示自动安装​
  • 指定版本号：conda install 软件名=版本号 -y
• conda remove 软件名 -y：卸载软件

Conda环境配置

不同项目需要用到同一软件的不同版本时，需要建立多个Conda环境，使软件互不干扰​

1. conda info --envs：查看当前conda有哪些环境
2. 建立名叫rnaseq的conda环境，指定python版本3，安装软件fastqc、trimmomatic：conda create -n rna-seq python=3 fastqc trimmomatic -y
3. 激活新环境conda activate rna-seq

Day2的拓展问题

ls输出的是横向的列表，怎样输出长格式列表

-1：输出长格式列表

如何查看长格式列表中文件的大小？

-l：以长格式显示目录下的内容列表。输出的信息从左到右依次包括文件名，文件类型、权限模式、硬连接数、所有者、组、文件大小和文件的最后修改时间等

查看Linux系统版本、内存与硬盘空间？（提示：分别是三个命令）

1. 系统版本：lsb_release -a
2. 内存：free -m
3. 硬盘空间：df -h

怎样建立类似/tmp/tmp1/tmp1.1 这样的层级目录（提示：搜索mkdir）

mkdir -p ~/tmp/tmp1/tmp1.1

怎样删除这些层级目录（提示：搜索rm）

rm -r tmp
-r或-R：递归处理，将指定目录下的所有文件与子目录一并处理