· 配置下载镜像
在RStudio自己的global option中，设置Package的镜像网站只能解决来自CRAN的R包下载速度问题，但是对于Bioconductor，github等来源的R包无力解决。为了确保我们可以自定义CRAN与Bioconductor的下载镜像，下面介绍两种方法：
·方法一：运行以下R代码
# options函数就是设置R运行过程中的一些选项设置
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/")) #对应清华源
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/") #对应中科大源
# 当然可以换成其他地区的镜像
options()$repos #检验当前的CRAN镜像网站
options()$BioC_mirror #检验当前的Bioconductor镜像网站
但是，使用这种方法最大的问题在于，下次再打开RStudio时，RStudio仍然会将官方镜像设为默认。为了解决这个问题，下面介绍方法二。
· 方法二：修改R配置文件
RStudio中有两个很重要的配置文件：.Renviron和.Rprofile。在我们每次启动RSTudio时，RStudio都会先将这些配置文件运行一遍。下面我们对.Rprofile进行一些编辑操作，以修改每次打开RStudio时的默认镜像。
输入以下代码，以启动对.Rprofile的编辑操作：
file.edit('~/.Rprofile')
输入后，RStudio会自动打开一个新的脚本。在这个新打开的脚本中输入以下内容：
options("repos" = c(CRAN="https://mirrors.tuna.tsinghua.edu.cn/CRAN/"))
options(BioC_mirror="https://mirrors.ustc.edu.cn/bioc/")
将该脚本保存。这样就完成了默认镜像的配置。以后每次打开RStudio时都会使用以上的清华CRAN镜像与中科大Bioconductor镜像。
