生信星球 打卡第一天
微信图片_20200501220759.png
1.甲基化知识
DNA甲基化是表观遗传学领域一个重要的研究方向，真核生物中最常见的DNA修饰非5-甲基胞嘧啶（5mC）莫属了，然而在原核生物中最常见的DNA修饰方式则为N6-methyladenine (6mA)，即腺嘌呤第6位氮原子甲基化修饰.
2.DNA甲基化检测手段
(1)甲基化芯片
甲基化芯片产品较少，绝大部分是illumina公司产品的，从27K到450K到850K甲基化芯片。
(2)甲基化测序
甲基化检测方法多达上百种，哪怕是基于NGS的测序技术，也有BS-Seq、MeDIP-Seq、RRBS-Seq、WGBS、MBD-Seq、SMRT 等
WGBS
WGBS（Whole Genome Bisulfite Sequence)全基因组甲基化测序，利用重亚硫酸氢盐使DNA中未发生甲基化的胞嘧啶(C)脱氨基转变成尿嘧啶(U)，而甲基化的胞嘧啶保持不变，然后通过PCR将U变为A，仅有甲基化的C可以成功保留，最后通过测序就可判断CpG位点是否发生甲基化。覆盖全基因组95%的甲基化位点.
MeDIP
MeDIP(Methylated DNA Immunoprecipitation Sequencing）
甲基化 DNA 免疫共沉淀测序，先通过与5mC特异性结合的抗体加入到变性的基因组DNA片段中，富集胞嘧啶甲基化的基因组片断，然后对富集的片段进行高通量测序。
