因为伊苏12代的版本非常多，所以介绍一下各种版本的区别:
伊苏的12代主要可以分为PC88版 PCE版以及永恒版三种。其中PC88版和永恒版都是由falcom本社开发，PC88版是最早的版本，后来的大多数移植版都是基于PC88版开发。永恒版虽然同样是基于PC88版开发，但在大大加强了画面的同时也丰富了很多内容，完全可以看做一个新的版本。PCE版则是由hudson向falcom买断版权之后重制的版本，将两代的内容合二为一，对原来的剧情设定也做了很多修改。所以在剧情上，pc88版和永恒版几乎是一样的。以下PC88版和永恒版就统称为PC版，以此来和PCE版比较说明剧情上的不同。
PC版和PCE版的主要剧情设定差异：
1.PC版的开场中，主角是进入围绕着艾斯塔里亚的暴风圈中，船被打翻，男主被冲到岸边而昏倒，然后故事开始；而PCE版中的男主是直接坐大船安然地进入艾斯塔里亚的。如果是玩了PC版之后再玩PCE版的玩家可能开场就会觉得比较奇怪。其实是hudson已经对这段剧情做了改编了。
2.片头和主角交谈的占卜师莎拉在PC版中中途身亡，在PCE版中则是下落不明，之后还会在PCE版的4代中再度登场。
3.可谓是两个版本的剧情最大的不同点，PC版的第一女主角是女神菲娜，在PC版最后告别时，寡言的男主角会深情地喊出她的名字；PCE版的第一女主角是兰斯村的少女莉莉亚，在PCE版的结尾，男主角会和莉莉亚在罗达之树下接吻.....
再补充一个惊喜，在PC88版伊苏2的结尾，男主角在和菲娜告别后，其实还有一句对白。
”哎呀，多基！“
”哎呀，多基！“这才是最初版伊苏2男主角的最后一句台词。这难道预示着什么...
