一、支原体污染
识别支原体污染。这是一种很难发现却经常存在的问题。支原体是最小的(0. 3μ.m)能够自我复制的有机体，倒置显微镜下通常观察不到。支原体没有细胞壁，对常用的抗生素不敏感。支原体感染是极为不易察觉的，可能直到出现了可以观察到的病变或发现细胞正常功能丧失的时候，才意识到是发生了支原体感染。
不采用特殊的染色方法，也没有观察到病变但是实验总是不成功，就应怀疑被支原体污染。预防支原体污染的唯一途径是经常对细胞进行筛选。
防止支原体感染。只使用那些证明没有污染支原体的血清和培养基，许多公司都作出了这样的保证。只接受那些保证没有支原体感染的细胞，通过商业手段得到的细胞很容易做到，但是从别处索要时就一定注意，要直接询问他是否验证过没有支原体感染。
对细胞进行日常的筛选是很重要的。虽然这样做很麻烦，但当你怎么样也得不到一种细胞表面蛋白的抗体，或不能有效地表达某种蛋白质时，可能是由于一直在使用被支原体感染的细胞。
检测支原体感染。如果这株细胞对你十分重要，那么就应该每4~6 周对细胞进行检测，通常使用下面几种方法：
支原体的荧光染色是最简单、最便宜也是最常用的方法。
使用支原体的特异引物进行PCR 检测。如果实验室具备PCR 仪和电泳条件，那么这种方法可能是最简单的手段。可以自己设计引物（设计好恰当的对照），也可以从公司购买引物。
把细胞样品送到能进行支原体检测的公司检测。这样做虽不如自己检测快（尽管托给公司比较容易，但会很贵），但你不需要自己动手。
如果你发现了支原体污染……祝你好运！
最好的方法是立即把细胞丢弃，重新复苏。
可以不理会它。
可以采取某些挽救措施，但是会很困难，只适用于那些不可代替的细胞。最简单的方法是订购除去支原体的试剂盒，并且联系公司咨询他们的意见。
二、交叉污染
细胞还可能被别的细胞污染，这种交叉污染可能更广泛，许多实验人员在不经意之间培养、使用和冻存了其他的细胞。
这种污染是可以避免的。
只从有保障的地方得到细胞，或者自己检查细胞，许多公司也可以检查。
不要同时操作多株细胞。不要把多种培养瓶同时放在超净台内。
不要使用同一个移液管操作多种细胞。
不同细胞株不要使用同一瓶培养基或胰蛋白酶。
操作后不要把移液管放回培养基的瓶中。
培养维护时，使用栓塞式移液管。
如果你的细胞生长情况或功能突然发生了变化，在排除支原体污染后，检查你的细胞是否发生了交叉污染（这些变化也可能是发生了突变或漂变） 。
