作为一个多细胞去除工具，DoubletFinder似乎很流行，另外有文章指出，这个工具相对于其他同类竞品工具具有优势，详见此文：

https://www.sciencedirect.com/science/article/pii/S2405471220304592

真的是不是最优秀的我不知道，我一贯对此类benchmark文章持怀疑态度。但似乎有一点比较肯定就是这个工具还可以。但是有一个问题非常的让我恼怒，就是没有重复性，同样的结果，多跑几次后你会发现，每次的结果都不一样。虽然这个差别在此一步是小差别，但是其影响确实很深远的，单从我的个人使用经验来看，DoubletFinder的不可重复直接导致你的最后的cell cluster形状变个不停。

也许你觉得这不是问题，只要保存一下结果下次继续就可以了，或者设施一下set.seed。保存结果，这虽然是个解决方案，但是在分析数据时，如果常需要调整其他的参数，进而必须要重新进行Doublet 去除，就会带来很大的困扰。如果你尝试过set.seed，你会发现根本不管用，那么问题在哪里呢？今天决定决绝这个问题，一劳永逸。

研究源代码后发现，问题的的关键是，该包的作者在多个函数你使用了sample函数，所以这就解释了问什么结果总是变，另外set.seed之所以没用，也是因为这个原因，作者前后在不同的自定义函数里使用了多个含有sample的函数，且每次使用都没有设定seed，在我看来，这应该算是个bug，虽然该工具只是预测Doublets，但是也不代表你可以没有重复性吧？

解决方案：

如果你想让自己的结果可重复，可以在以下函数加入set.seed()，这些函数分别是paramSweep_v3，parallel_paramSweep_v3，summarizeSweep。最好加在sample函数的前面。实测加了之后，结果就非常的可重复了。希望能帮你省点时间。