本文包括作者的RDkit学习和使用经验(Windows10，其他操作系统没有测试)
部分内容转载自中文教程和RDKit入门与进阶教程（30篇）
推荐学习中文教程
Jupyter Notebook专用的rdkit工具
RDKit官网
英文教程The RDKit Book
一、安装
1.1. 前置知识
- 已掌握Anaconda的安装和基本使用
- 已掌握Python基本语法
- 已掌握Jupyper Notebook的使用
- 已掌握gtihub或者gitee的使用
1.2 安装
建议安装前配置国内源
conda install rdkit
显示提示，直接按“y”，RDKit安装库完毕
二、基础教程
学习资源(内含必需的示例文件)
Jupyter Notebook文件: base
- 克隆(使用git)或下载文件至本地
- 启动Jupyter Notebook使用教程文件
2.1 读写分子模块： rdkit.Chem模块
RDKit 支持从Smiles、mol、sdf 文件中读入分子获得分子对象。 Smiles、mol 是通常用于保存单个分子；而sdf格式当初是作为分子库形式设计的。 因此读入sdf得到的是分子迭代器,读入Smiles 和mol 文件是分子对象。——转自中文教程/基础教程, 英文
2.1.1. 分子读入方法:
- 读取*.smi文件方法：
# smiCode表示分子的smiles码
- 读取*.mol文件方法：
# molFilePath表示分子mol文件的本地路径
- 返回一个对象
from rdkit import Chem
m = Chem.MolFromSmiles('Cc1ccccc1') # m, 返回一个对象（object）
- 读取*.sdf文件的方法：
# sdFilePath表示分子集sdf文件的本地路径
- 读取*.smi文件的方法：
# smiFilePath表示分子集smi文件的本地路径
- 返回列表，支持索引操作和迭代操作
2.1.2. 分子读入示例
smi='CC(C)OC(=O)C(C)NP(=O)(OCC1C(C(C(O1)N2C=CC(=O)NC2=O)(C)F)O)OC3=CC=CC=C3'
# 导入库/模块
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import AllChem
mol = Chem.MolFromSmiles(smi)
print(type(mol))
# 模块已经导入，此处不再导入
m = Chem.MolFromMolFile('data/invalid.mol')
suppl = Chem.SDMolSupplier('data/5ht3ligs.sdf')
suppl = Chem.SmilesMolSupplier('data/5ht3ligs.smi')
2.1.4 分子写出方法
- RDKit 可以把分子对象保存成Smiles、molBlock、mol文件
%20%E5%86%99%E5%87%BA%E5%8D%95%E4%B8%AA%E5%88%86%E5%AD%90(*.smi%E5%92%8C*.mol)%7D)
- 输出canonical smiles文件(*.smi)：
# m, mol分子对象
- 输出含Kekule形式的smiles文件，先对分子进行Kekulize，然后使用“ kekuleSmiles”选项
# 将mol对象进行Kekulize转换
# 将mol对象转换为含Kekulize格式的simles文件
