本文包括作者的RDkit学习和使用经验(Windows10，其他操作系统没有测试)
部分内容转载自中文教程和RDKit入门与进阶教程（30篇）
推荐学习中文教程
Jupyter Notebook专用的rdkit工具
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英文教程The RDKit Book

一、安装

1.1. 前置知识

• 已掌握Anaconda的安装和基本使用
• 已掌握Python基本语法
• 已掌握Jupyper Notebook的使用
• 已掌握gtihub或者gitee的使用

1.2 安装

建议安装前配置国内源

conda install rdkit

显示提示，直接按“y”，RDKit安装库完毕

二、基础教程

学习资源(内含必需的示例文件)
Jupyter Notebook文件: base

• 克隆(使用git)或下载文件至本地
• 启动Jupyter Notebook使用教程文件

2.1 读写分子模块： rdkit.Chem模块

RDKit 支持从Smiles、mol、sdf 文件中读入分子获得分子对象。 Smiles、mol 是通常用于保存单个分子；而sdf格式当初是作为分子库形式设计的。 因此读入sdf得到的是分子迭代器,读入Smiles 和mol 文件是分子对象。——转自中文教程/基础教程, 英文

2.1.1. 分子读入方法:

• 读取*.smi文件方法： # smiCode表示分子的smiles码
• 读取*.mol文件方法： # molFilePath表示分子mol文件的本地路径
• 返回一个对象

from rdkit import Chem 
m = Chem.MolFromSmiles('Cc1ccccc1')  # m, 返回一个对象（object）

• 读取*.sdf文件的方法： # sdFilePath表示分子集sdf文件的本地路径
• 读取*.smi文件的方法： # smiFilePath表示分子集smi文件的本地路径
• 返回列表，支持索引操作和迭代操作

2.1.2. 分子读入示例

smi='CC(C)OC(=O)C(C)NP(=O)(OCC1C(C(C(O1)N2C=CC(=O)NC2=O)(C)F)O)OC3=CC=CC=C3'
# 导入库/模块
from rdkit import Chem
from rdkit.Chem import AllChem
mol = Chem.MolFromSmiles(smi)

print(type(mol))

# 模块已经导入，此处不再导入
m = Chem.MolFromMolFile('data/invalid.mol')

suppl = Chem.SDMolSupplier('data/5ht3ligs.sdf')

suppl = Chem.SmilesMolSupplier('data/5ht3ligs.smi')

2.1.4 分子写出方法

• RDKit 可以把分子对象保存成Smiles、molBlock、mol文件
  
• 输出canonical smiles文件(*.smi)： # m, mol分子对象
• 输出含Kekule形式的smiles文件，先对分子进行Kekulize，然后使用“ kekuleSmiles”选项
  # 将mol对象进行Kekulize转换
  # 将mol对象转换为含Kekulize格式的simles文件