1、Fastqc

1.1 安装

unzip /disk/shares/fastqc_v0.11.7.zip -d ~/Biosofts/

1.1.png

chmod +x ~/Biosofts/FastQC/fastqc
~/Biosofts/FastQC/fastqc  -h

1.2.png

加入环境变量

echo 'export PATH=~/Biosofts/FastQC:$PATH'>>~/.bashrc
source ~/.bashrc
fastqc -h

1.3.png

1.2 评价测试数据质量

1.4.png

2、Aspera

2.1 安装

tar zxvf /disk/shares/ibm-aspera-connect_4.0.2.38_linux.tar.gz -C ~/Biosofts/

2.0.png

2.1.png

2.2.png

2.2 从ENA数据库下载SRR6208854文件

ascp下载后，解压查看原始测试数据

gunzip -c /disk/shares/SRR6208854.fastq.gz |less

2.3.png

3、SRA-toolkit

3.1 预编译安装

tar zxvf /disk/shares/sratoolkit.2.11.1-ubuntu64.tar.gz -C ~/Biosofts/

3.1.png

3.2.png

添加环境变量

echo 'export PATH=~/Biosofts/sratoolkit.2.11.1-ubuntu64/bin:$PATH' >> ~/Biosofts/
source ~/.bashrc

3.3.png

3.4.png

3.5.png

3.2 解压SRA文件

3.7.png

3.6.png

4、Trimmomatic

4.1 解压安装

unzip /disk/shares/Trimmomatic-0.38.zip -d ~/Biosofts/

原始数据过滤后，对比过滤前后质量差异

java -jar ~/Biosofts/Trimmomatic-0.38/trimmomatic-0.38.jar PE -phred33 /disk/shares/Seqs/test_7942raw_1.fq.gz /disk/shares/Seqs/test_7942raw_2.fq.gz ./trim_out/output_forward_paired.fq.gz ./trim_out/output_forward_unpaired.fq.gz ./trim_out/output_reverse_paired.fq.gz ./trim_out/output_reverse_unpaired.fq.gz ILLUMINACLIP:/disk/teaching/Biosofts/Trimmomatic-0.38/adapters/TruSeq2-PE.fa:2:30:10 SLIDINGWINDOW:5:20 LEADING:20 TRAILING:20 MINLEN:75

4.1.png

‘#说明：文件之前已过滤，所以上面重复操作后前后无差异。

4.2 运行测试

java -jar ~/Biosofts/Trimmomatic-0.38/trimmomatic-0.38.jar

4.3.png

5、seqtk

安装和运行

gunzip -c /disk/shares/Seqs/Akle_TTAGGC_L004_R1_001.fastq.gz |seqtk sample -s 60 - 500 >test500.fq

4.2.png

6、SPADES

6.1 安装

tar zvxf /disk/shares/SPAdes-3.12.0-Linux.tar.gz -C ~/Biosofts/

5.1.png

5.2.png

5.3.png

6.2 组装基因组

spades.py --careful --pe1-1 /disk/shares/Seqs/test_7942raw_1.fq.gz --pe1-2 /disk/shares/Seqs/test_7942raw_2.fq.gz -o ./SPAdesout

5.4.png

5.5.png

7、Velvet

7.1 源代码编译安装

tar zvxf /disk/shares/velvet_1.2.10.tgz -C ~/Biosofts/

6.3.png

6.4.png

6.5.png

’#说明：apt-get默认安装的velvet最大km值只有31；源代码编译安装的话可以修改这个值到127

7.2 比较不同kmer值对velvet组装结果的影响

nano kmerselection.sh

输入以下内容：

6.1.png

执行kmerselection.sh文件

6.6.png

8、Quast

8.1 预编译安装

tar zvxf /disk/shares/quast-5.0.0.tar.gz -C ~/Biosofts/

7.1.png

8.2 分别对Spades和velvet结果进行评价

7.2.png

7.3.png

7.4.png

8.3 比较spades和velvet拼接效果

7.5.png

7.7.png

8.4 比较不同km值拼接效果

7.8.png

7.6.png

9、Artemis

9.1 压缩包安装

下载Java后，配置Java环境：
参考（https://www.runoob.com/w3cnote/windows10-java-setup.html）

9.1.png

cmd中检验是否配置成功

9.2.png

解压Artemis，创建快捷方式，打开

9.3.png

生物软件笔记