所谓自性本自清净，是指它没有原始无明的污染、遮蔽，以及由此而来的无穷烦恼和痛苦，而是纯洁的、透明的。对于自性，神秀的偈语尚未体悟其自身。他认为：“身是菩提树，心如明镜台，时时勤拂拭，勿使惹尘埃。” 神秀的问题在于，他将身心实体化，对于自性把握为有，而没有理解为空。同时，他只是要去掉污染，而没有能体悟清净。
与此完全不同，慧能说出了自己另外完全不同的心得：“菩提本无树，明镜亦非台，佛性常清净，何处有尘埃。” 。慧能除了指出自性或者佛性本身是无相的外，更强调了它自身是清净的、没有污染的。因此，对于自性的通达并不是各种外在的修行，而是内在本性的觉悟。
所谓自性本不生灭，是指自性非有为法，无生灭相。自性是人的实相，是不二的实性。“无二之性，即是实性。实性者，… 不断不常，不来不去，不在中间，及其内外，不生不灭，性相如如，常住不迁，名之曰道。”
