cellranger(三)

4.cellranger aggr:

用于整合count或者multi的结果。

5.cellranger reanalyze:

对count multi aggr的结果进行重新分析，分析过程中可以调整参数以达到重新聚类的目的。

总结

不同情景下各模块的分析如下所示：

单样本单次建库单次测序：mkfastq+count

单样本单次建库多次上机：多个mkfastq+单次count

单样本多次建库单次上机：单次mkfastq+多次count+单次aggr

多样本多次建库单次上机：单次mkfastq+多次count+单次aggr

多样本单次建库单次上机：单次mkfastq+单次multi

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