第六部分暂时发现一点问题，改天补充~
基因家族流程：基因家族分析（一）
基因家族流程：基因家族分析（二）
基因家族流程：基因家族分析（三）
基因家族流程：基因家族分析（四）
基因家族流程：基因家族分析（五）
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顺式作用元件分析（Cis-regulatory elements analysis）
1.顺式作用元件：
顺式作用元件(cis-acting element)存在于基因旁侧序列中能影响基因表达的序列。顺式作用元件包括启动子、增强子、调控序列和可诱导元件等，它们的作用是参与基因表达的调控。顺式作用元件本身不编码任何蛋白质，仅仅提供一个作用位点，要与反式作用因子相互作用而起作用。
1.png
2.数据准备：
- 启动子区域：gene或者ATG上游-2000bp序列之内，有人用1000bp。
- 转录起始点（TSS）在5'-UTR上游，实际位置不确定。
- 获取方法：
1.有些数据库可直接下载（upstream）
2.TBtools（第4点有详细链接）
3.bedtools
选择正负链前后1000bp处作为筛选promoter区域，chr.At为染色体长度文件，genefamily.bed参看之前的内容
bedtools flank -i genefamily.bed -g chr.At -l 1000 -r 0 -s >genefamily.1kb.promoter.bed
getfasta 提前序列
bedtools getfasta -name -fi At_v1.genome -bed genefamily.1kb.promoter.bed
3.在线工具：
PlantCARE, a database of plant promoters and their cis-acting regulatory elements：
http://bioinformatics.psb.ugent.be/webtools/plantcare/html/
使用方法：Search for CARE —sequences—search
邮箱查收，excel整理tab文件
- 注意：有时候N多上传不了，重复几次，一次序列长度2000没问题
4.分析结果可视化：
具体参看CJ大神的文章：植物启动子-顺势作用元件-批量提取-预测-可视化分析
推荐TBtools的Simple BioSequence Viewer功能绘图。
-
结果统计：
1.统计两条链的顺式元件结果（也有统计单链的，看实际情况统计双链，以下图片仅为基因锁在链结果）
2.筛选逆境相关元件结果，位置，正负链
3.画图嘛，有点坑（单链推荐IBS软件，不过也很坑）
TBtools结果图.png
转录组数据分析
1.下载ncbi公共数据分析，提取家族基因表达量。
2.家族足够大，GO和KEGG分析。
最后
基因家族分析全部更新完~如果有问题可以联系我。
