明神宗曾经在一时兴起之下临幸了一个宫女王氏，诞下了长子明光宗。可是明神宗却并不怎么喜欢他们母子，而当时的王皇后也不得宠。万历皇帝想让宠妃郑贵妃当皇后，让郑贵妃的儿子福王朱常洵当太子，王皇后虽然挡了郑贵妃的路，可是郑贵妃被大臣们视为妖妃，红颜祸水，即使废了王皇后，也轮不到郑贵妃当皇后，而王皇后贤良淑德，挑不出错来，再加上有个李太后撑腰，明神宗没法瞎折腾。就这样，明神宗一次意外的临幸酿成了十多年的国本之争，搞得皇帝、太后、皇后、妃嫔、大臣都不得安宁。
万历皇帝一起兴起，给自己留下了一个甩不掉的“麻烦”
万历九年（1581年），万历皇帝给他的母亲李太后请安，一时性起，临幸了一个16岁的小宫女王氏。本来皇帝临幸宫女，要送一个表记，以作信物，可是明神宗真是一时兴起，根本没打算负责，没有给信物，小宫女当然也不敢讨要，没想到就这一次小宫女就怀孕了。“年长矣，帝过慈宁，私幸之，有身。”
宫女怀孕，“真凶”昭然若揭，肯定是皇帝了，可是明神宗竟然狡辩，称他没有干过，可是皇帝的一举一动起居注都有记载，李太后把记录拿过来查对，明神宗无法抵赖，只好承认了。王氏生下了明神宗的长子朱常洛。“孝靖王太后，光宗生母也。初为慈宁宫宫人。年长矣，帝过慈宁，私幸之，有身。故事：宫中承宠，必有赏赉，文书房内侍记年月及所赐以为验。时帝讳之，故左右无言者。一日，侍慈圣宴，语及之。帝不应。慈圣命取内起居注示帝，且好语曰：‘吾老矣，犹未有孙。果男者，宗社福也。母以子贵，宁分差等耶？’十年四月封恭妃。八月，光宗生，是为皇长子。”万历十二年（1584年）七月庚辰她又生下皇四女云梦公主朱轩嫄。
万历皇帝此时非常宠爱的是郑贵妃，对王氏及长子朱常洛非常嫌弃，在李太后的威逼下，不得不封王氏为恭妃，朱常洛四岁时，郑贵妃生下一子朱常洵，明神宗想立为太子，可是祖制立长不立幼，明神宗拖着就是不立太子，朱常洛也就成了万历皇帝的眼中钉，母子俩受尽了白眼和虐待，连个老师都不找，皇长子很大了，竟然还是个文盲。
王皇后德行无亏，明神宗无法以无子废后
皇位继承立长不立幼，还有一条立嫡不立长，明神宗确实想废掉王皇后，立郑贵妃为皇后，让朱常洵变成嫡子，但是实现不了。
当时的皇后孝端显皇后王皇后出身并不高贵，父亲只是一名名不见经传的小官。李太后在众多候选人当中挑中了她，是因为王皇后端庄贤良、谨言慎行，为人大度有气量。虽然万历皇帝并不怎么喜欢王皇后，但是王皇后却对李太后十分孝顺，婆媳关系非常融洽。
王皇后没有儿子，只有一个女儿，在生下儿子后，王皇后多次流产。他非常大度贤良，因为自己不易生育，经常劝谏皇帝与其他妃嫔处，雨露共沾，所以她的后宫管理得很好，妃嫔们都很敬重她，郑贵妃仗着受宠，经常挑衅她，她视若无闻。
郑贵妃唆使万历皇帝废后，风声刚放出来，群情激愤，李太后和朝臣都不答应，除了无子，他也找不到别的理由。大臣们一再请立朱常洛为太子，他一直拖延，理由就是他要等王皇后生嫡子，即使真以无子废了王皇后，那么生了皇长子又深得李太后喜爱的王恭妃最有可能当皇后，反正爱搞事情被大臣视作“妖妃”的郑贵妃也没法当皇后。
爱搞事情的郑贵妃，妖书案、梃击案、红丸案、移宫案都和她有关
郑贵妃据说长相并不出众，为什么深得明神宗宠爱，有多种说法，男女感情是件说不清的事情，郑贵妃进宫仅四年就从普通妃子一跃而成贵妃，大臣们认为皇帝过于宠爱郑贵妃，非社稷之福，但是明神宗听不进去。
郑贵妃有皇帝宠爱，又有儿子，自然想让儿子当太子，一直搞事情。所谓妖书案就有两次，一次是万历十八年（1590年），著名大儒吕坤担任山西按察使，在职期间，他采辑了历史上贤妇烈女的事迹，著成《闺范图说》一书。宦官陈矩（后来执掌东厂，参与审理第二次“妖书案”）出宫时看到了这本书，买了一本带回宫中。郑贵妃看到之后，想借此书来抬高自己的地位，于是命人增补了十二人，以东汉明德皇后开篇，郑贵妃本人终篇，并亲自加作了一篇序文。之后，郑贵妃指使伯父郑承恩及兄弟郑国泰重刻了新版《闺范图说》，引起大臣们不满。第二次妖书案是内阁大学士朱赓在家门口发现了一份揭帖，指责郑贵妃意图废太子，册立自己的儿子为太子。这两次妖书案牵连甚广，鸡飞狗跳。
梃击案则是大白天，竟然有人提着木棍闯入太子宫中，要殴打太子，被抓住后声称幕后主使是郑贵妃的心腹太监，而万历皇帝以此人为疯子，草草了结。
朱常洛继位后，生病服用了一粒红丸，当天就驾崩，在位仅一个月，而现场只有与郑贵妃关系极为密切的李侍选在场，时人都怀疑是这两人下毒，但苦于无证据，这就是红丸案。他们还想控制朱常洛的长子朱由校，弄出抢夺朱由校的移宫案。
郑贵妃还企图诬陷明光宗，明光宗“年十三矣，犹与孝靖居景阳宫，同起卧。郑贵妃于神庙前言，皇长子好与宫人嬉，已非复童体矣。神庙遣使验之，孝靖大恸曰：‘我十三年与同起卧，不敢顷刻离者，正为今日，今果然矣。’使还以实告。神庙自此有疑于贵妃，已后所言皆不入。”
皇帝的家事，就是国事，文人们犯起倔来，皇帝也没有办法
郑贵妃一再“作妖”，大臣们认为是不立太子的结果，于是强烈要求依祖制，立长子朱常洛为太子，面对群臣的要求，万历皇帝大手一挥，贬掉了闹事的官员，但是文化人是有脾气的，越来越多的大臣要求立太子，首辅也不例外。这就是著名的“争国本”事件。
皇帝强硬，大臣们也不屈服，争国本事件，长达十五年，共逼退内阁首辅四人部、级官员十余人、涉及中央及地方官员人数达三百多位，其中一百多人被罢官、解职、发配充军。大臣们死不松口，万历皇帝心力交瘁，国事一塌糊涂，最终还是李太后一锤定音，“册封孝靖为恭妃。越三年，福王生，则进封其母郑贵妃为皇贵妃，给事中姜应麟上疏，言‘恭妃诞元子，仅令居下，非所以重储贰定众志也。乞降旨首册恭妃，次册贵妃，又须明诏册立元嗣为东宫。’奉旨：‘姜应麟疑君卖直，妊生无礼！降边方杂职。’给事中杨廷相、御史陈登云等，具疏申救，不听。应麟既奉旨降谪，慈圣闻之弗善也。神庙入侍，慈圣故问曰：‘外廷诸臣多说该早定长哥，如何打发他？’神庙对曰：‘道他是都人的儿子。’慈圣正色曰：‘母以子贵，宁分差等！你也是都人的儿子！’盖慈圣亦由宫人进御也。神庙惶恐伏地，无以自容。自是立长之议始定，实凛慈圣谕耳。”在各方的压力之下，万历皇帝迫不得已于万历二十九年（1601年）十月立朱常洛为皇太子。但王恭妃的待遇却没提高，甚至有所降低。“二十九年册立皇长子为皇太子，仍不封如故。”“光庙诞生，一应恩礼俱从薄。”
明神宗有个强势但是三观比较正的亲妈，明神宗害怕李太后，不敢胡来
李太后虽然出身宫女，但是见识不凡，她的性格坚忍，原则性极强，她知道光凭自己是无法教育出一代明君的，于是早早地便选定了张居正做帝师。张居正对明神宗的培养是极其严格的：他的学生从三四岁起就配备5个经史老师和2个书法老师。每天上午学习，下午名为自由时间，实则必须努力背诵，因为第二天一定会检查是否记住。
明神宗已经十七岁了，一次夜宴上，他强行要求宫女唱曲儿，可宫女不会，他竟扬言要杀了她们。这事很快就经冯保传到太后耳中。太后先以异常的悲痛斥责自己教导失职，接着准备去祖庙废除这个失德的皇帝。明神宗立即跪下恳求母后开恩，尽管最终被原谅，但之后却被束缚得更加严重。“太后教帝颇严。帝或不读书，即召使长跪。每御讲筵入，尝令效讲臣进讲于前。遇朝期，五更至帝寝所，呼曰‘帝起’，敕左右掖帝坐，取水为盥面，挈之登辇以出。帝事太后惟谨，而诸内臣奉太后旨者，往往挟持太过。帝尝在西城曲宴被酒，令内侍歌新声，辞不能，取剑击之。左右劝解，乃戏割其发。翼日，太后闻，传语居正具疏切谏，令为帝草罪己御札。又召帝长跪，数其过。帝涕泣请改乃已。”
郑贵妃作妖，李太后手段最厉害，在明神宗不得不立朱常洛为太子，朱常洵为福王后，她命令福王就藩，不得回京，母子不得见面，郑贵妃消停了许多，万历四十二年（1614年）李太后崩逝，万历四十三年（1615年）就发生了殴打太子的梃击案，可见没有李太后，郑贵妃会多嚣张。
万历三十九年（1611年）九月十三日，王恭妃病危。“三十九年病革，光宗请旨得往省，宫门犹闭，抉钥而入。妃目眚，手光宗衣而泣曰：‘儿长大如此，我死何恨！’遂薨。”
王恭妃生前受到百般摧残，后事也不顺当。王恭妃薨逝后，明神宗并不把她的丧事放在心上。对她择地安葬之事，是极为刻薄的，依照他的本意，草草埋葬了事。但大臣们不服。首辅沈一贯、大学士叶向高数次上折，大学士叶向高上言：“外间喧传皇妃王氏薨逝，宫禁事密，臣不及知。经今四日，未见传谕。臣备员密勿不敢不请。如以礼节未定有所迟回，则会典开载皇贵妃丧礼甚明，且近有皇贵妃李氏例可行。惟皇太子与母妃则我朝前次未有。所当敕下礼部斟酌上请者也。”万历四十年七月十七（1612年），“大学士叶向高言：‘皇太子母妃薨，礼宜从厚。’不报。复请，乃得允。谥温肃端靖纯懿皇贵妃，葬天寿山。”其随葬金制品极少，棺内除了为数不多的丝织品外，仅有银锭数枚和一些银制器物，金锭一枚也没有放。“万历四十一年十二月，孝元崩。停宫中者两年，尚不发引。礼科亓诗教疏言：‘皇太子母葬已有年，而膳田未给，香火无供，忍令坟园之荒废。皇太子妃逝几二载，而葬地不择，灵輀未发，宁无暴露之感伤。’大理寺丞王士昌亦疏言：‘皇贵妃，育东宫者也，膳田不给。郭妃，配东宫者也，葬地不择。’俱不报。四十三年五月，始有旨下礼部，相择皇太子妃郭氏坟地。六月有旨：‘给皇太子母坟户三十名，园地二十五顷，以供香火。’”
“光宗即位，下诏曰：‘朕嗣承基绪，抚临万方，遡厥庆源，则我生母温肃端靖纯懿皇贵妃恩莫大焉。朕昔在青宫，莫亲温凊，今居禁闼，徒痛桮棬，欲伸罔极之深悰，惟有肇称乎殷礼。其准皇祖穆宗皇帝尊生母荣淑康妃故事，礼部详议以闻。’会崩，熹宗即位，上尊谥曰孝靖温懿敬让贞慈参天胤圣皇太后，迁葬定陵，祀奉慈殿。后父天瑞，封永宁伯。”天启皇帝继位后，把亲奶奶王恭妃封为孝靖皇后，孝靖皇后也随同万历皇帝一起葬入了定陵。
