方法学前半部分

sample collection

6个配对sample：化疗前VS 化疗后

RNA extraction

1.细胞提取/溶解
2.提取RNA：RNeasy Kit

library construction and sequencing

1.RNA QC：2100 Bioanalyzer（ RNA Integrity Number (RIN) ≥8）
2.RNA定量： NanoDrop 2000
3.建库： TruSeq® RNA Library Prep Kit v2
4.测序：HiSeq 2500：2x150 bp PE

filtering

筛选三原则：

1. reads with adaptor
   2.N碱基占了5%以上的read
   3.low-quality reads （低质量read定义：Phred Quality<19的bases占了15%以上）

DEGs

1.FPKM: 出去测序深度及基因长度的影响
2.false discovery rate ≤ 0.05 and fold change ≥ 2

比对和丰度评估

程序：tophat/ Cufflinks
参考：转录组和hg19基因组