bioperl安装（无需root权限）

bioperl安装流程：

  • bioperl 安装（cpan）

  1. perl -MCPAN -e shell 一路回车，安装完成后q退出
source ~/.bashrc

>cpan
cpan>install Module::Build
cpan>o conf prefer_installer MB
cpan>o conf commit
cpan>q
  1. 下载bioperl(wget https://github.com/bioperl/bioperl-live/archive/master.zip)并解压：unzip master.zip
  2. 进入解压后的目录安装
  perl Build.PL --install_base=~/perl5/Bioperl/  指定安装目录，可自行修改
 ./Build test
 ./Build install

中间一直敲回车即可，若无报错，则安装完成

  • blastxml安装

  1. 下载blastxml(wget http://search.cpan.org/CPAN/authors/id/C/CJ/CJFIELDS/Bio-SearchIO-blastxml-1.70.tar.gz)并解压
  2. 进入解压后的目录安装
perl Makefile.PL --install_base ~/perl/lib/perl/Bio/SearchIO/
make 
make install
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