开始之前你需要知道的知识

16S 测序

16S rRNA基因是编码原核生物核糖体小亚基的基因，长度约为1542bp，其分子大小适中，突变率小，是细菌系统分类学研究中最常用和最有用的标志。

其序列包含可变区(Variable region)和保守区(Constant region)。可变区序列因细菌而异，且变异程度与细菌的系统发育密切相关，通过提取环境样品的DNA，并扩增和检测其中的一段或几段区域，可以了解环境样品(土壤、肠道、海洋)中细菌的分类和丰度。

OTU(Operational Taxonomic Units)

如果序列之间，比如不同的16S rRNA序列的相似性高于97%就可以把它定义为一个OTU，每个OTU对应一个不同的16S rRNA序列，也就是每个OTU对应于一个不同的细菌(微生物)种。通过OTU分析，就可以知道样品中的微生物多样性和不同微生物的丰度。

测序区域

由于16S rDNA较长(1.5kb)，考虑到测序平台的读长限制，我们只能对可变区进行测序。16S rDNA包含有9个可变区，分别是v1-v9.一般我们对v3,v3-v4和v6可变区域进行扩增和测序。

v3,v3-v4和v6区域是比较常用的区域，可以查看一些文章或者其他一些公司的报道，有些可能会把v5-v6作为测序区域，或者是选择v1-v3作为测序区域。

QIIME

接下来部分是属于QIIME2在Windows下的安装步骤

QIIME2安装

参考文档官网地址：qiime2doc 上面的链接是QIIME2的官网，QIIME(第一个版本)已经不推荐使用了

QIIME 2 has succeeded QIIME 1 as of January 1, 2018. QIIME 1 is no longer supported at this time,as development and support effort for QIIME is now focused entirely on QIIME 2. For more information, see our blog post: QIIME 2 has succeeded QIIME 1 QIIME 1 users should transition from QIIME 1 to QIIME 2. If you're new to QIIME, you should start by learning QIIME 2, not QIIME 1

从2018年1月1日起，QIIME2已经取代了QIIME，官方推荐用户应该从QIIME过渡到QIIME2，新手也应该从QIIME2开始。

安装VirtualBox

第一步：你需要安装VirtualBox

QIIME2并不支持Windows，所以为了能在Windows平台下使用QIIME2，事先要先安装虚拟机(VirtualBox)，目前VirtualBox最新版本是6.0.0。选择Windows hosts然后下载文件。

VirtualBox官网下载地址

然后一步一步点击安装，很快就可以安装成功，VirtualBox界面如图所示：

VirtualBox界面

此图演示版本为：5.2.22 r126460 (Qt5.6.2)

准备好Ubuntu镜像

第二步：你需要下载好Ubuntu镜像

现在Ubuntu的版本是18.04 LTS，大家可以去官网免费下载，点击Download即可下载。

Ubuntu官网下载地址

Ubuntu 18.04大小为18.1G，所以你需要等待一阵子。

创建虚拟机

在VirtualBox创建Ubuntu虚拟机

当工具和镜像准备好的时候，你就可以在VirtualBox创建一个虚拟机了，接下来使虚拟机创建过程的演示。

点击新建，填写信息

名称：这里是Ubuntu，自己可以随意取

类型：这里选择Linux

版本：Ubuntu(64-bit)

填好信息之后点击下一步。

设置内存大小

这里根据自己的电脑进行设置，只要在绿色区域之内就没多大问题，然后下一步。

创建虚拟硬盘

选择现在创建虚拟硬盘

选择类型

选择类型为VDI

选择硬盘容量类型

选择动态分配

设置硬盘路径和大小

选择好硬盘存储路径和大小，这里是E:\linux\Ubuntu.vdi和40GB，可以根据需要修改，最后点击创建就可成功创建虚拟机。

现在可以看得到虚拟机的各种详细信息。

在虚拟机内安装系统

现在我们已经有了虚拟机，不过这个虚拟机没有操作系统，就像现实中出厂的计算机一样，是一个裸机。目前要做的事情就是把虚拟机当做真实的机器那样，给它安装一个操作系统。

给虚拟安装操作系统需要用到我们前面已经准备好的Ubuntu镜像，我们要利用Ubuntu镜像来安装系统，接下来是Ubuntu的安装过程。

虚拟机内设置启动盘

点击设置，选择存储，然后点击控制器：IDE下方的没有盘片。

接下来点击右边属性栏目的光盘图标，它会展开一个选项，选择**选择一个虚拟光盘文件**

弹出一个对话框，这时候你需要找到Ubuntu镜像的位置，这边是在D盘：

当你找到你的镜像的时候，点击**打开**就可以了，最后再点击**OK**

你可以看到虚拟机的信息发生了变化

做好这些工作之后，点击左上角的**启动**即可开始安装程序。

安装选择

当你点击开始的时候，由于虚拟机已经现实的机器不同，可能会出现几个选项让你选择，这个时候只要选择有install Ubuntu的选项就行了，这个时候的画面如图所示：

1.  选择语言为简体中文，单击安装Ubuntu

2.  选择键盘布局为汉语

3.  选择正常安装，勾选第三个选项

4.  选择清除整个磁盘并安装Ubuntu

因为这是虚拟机，还没操作系统，所以可以选择第一个选项，假如是真实的机器，并且已经有操作系统了，那你可以选择和XXX系统共存或者其他选项。

    然后确定更改

5.  选择时区为shanghai

6.  设置好用户名和密码以及计算机名称

    接下来就是系统自动安装的过程，你需要等待一会儿。

     最后安装好之后重启：

1.QIIME 安装(virtualbox安装)