1895年，九月兴中会在广州起义失败，孙中山与陈少白、郑士良一起赴日本避风头，同时准备在日本做兴中会分号。一行三人乘坐的广丸号1895年11月13号先到神户停靠，孙中山在神户当地日本报纸上看见《中国革命党首脑孙文抵日》的新闻，随即决定用“革命”一词作为兴中会的对外定性。11月17号，船到横滨，一行人由之前结识的横滨当地的跑船商人陈清引见，认识了均昌洋装行的老板潭发，谭发是抗清的，认为“中国明明汉人多，凭什么让满人做皇帝，要选也要选个汉人做”。一个前店后厂卖服装的生意人整天讨论皇帝谁做的问题，当地华人朋友就叫谭发“谭皇帝”。谭发之前就与孙中山见过面，所以这次寒暄之后，直接带他们到了横滨山下町五十三号，文经印刷厂----冯自由在横滨的家。
冯自由的祖父冯展杨是被清吏诬陷为暗通“红毛贼”（太平天国广东分支）而丧命的，冯自由父亲冯镜如年轻时就在横滨经营出版业，由于祖上经历，对满清也是恨之入骨，“视皇帝如草芥”。在香港时候他就剪辫易服，求英国领事保护营业。到了横滨，也是当地华人无辨第一人，有“无辫老冯”之绰号。陈清之前给老冯看过孙中山的宣传材料，老冯也一直在和其弟冯紫珊、陈清、谭发一起谋划在横滨当地成立组织的事情。此番和孙中山见面，大家沟通之后，孙中山就拿出之前托人购买的剪子，在文经印刷厂二楼剪去了那条“耻辱的猪尾巴”，也换了谭发带来的服装，随后商议横滨兴中会分号成立之事。
兴中会日本分会也是成立在文经印刷厂二楼，会长冯镜如，分会中枢职务“司库”（财务主管）赵明乐，赵峄琴为书记，冯紫珊为干事，另有谭发、温炳臣等成员二十余人。成立会议上，孙中山提议向各会员商借500日元作为赴檀香山旅费，话音未落，司库赵明乐起身发言：“会里选我做司库，可笑库内一个子儿都没有，所司何物？这倒也罢，如今却让我们往里头搭钱财……赵某认为孙先生与我等志同道合，才应承下这一差使，而如今看来……孙先生适才的演讲，赵某难易苟同，恕先行告退。”
赵明乐说完，扭头就走了，他表弟赵峄琴抱歉的向众人拱拱手，跟了出去。横滨兴中会成立大会没开完，刚谈到钱，两个骨干成员就退出了。核心层只剩下冯镜如和他弟弟。结果冯镜如兄弟俩出了五百日元，由紫珊代理司库事务，总算把这个组织成立了。之后郑士良拿了一百日元回广州做广州起义善后，陈少白要留在横滨继续兴中会的工作，冯镜如的文经印刷厂正在做一本《华英词典》的编纂工作，聘了陈少白做主编，每月六十日元工资。孙中山又拿了一百日元给他开展工作。剩下三百，孙中山带在了身上。孙中山此次在横滨逗留超过一个月，期间以中山樵为名。
一次孙中山在冯家吃饭，冯镜如的儿子冯懋龙陪坐。孙问冯懋龙喜欢看什么书，冯答喜欢看《三国演义》，孙中山又问他，喜欢《三国演义》中哪位人物，答曰孔明。孙中山笑着说：你既喜欢诸葛亮，就是明白古今顺逆的道理。我们兴中会便是汉朝的刘备、诸葛亮。满洲皇帝便是曹操、司马懿。我们起兵驱逐满洲，就如同诸葛亮六出祁山。孙又对冯镜如说，你儿子能熟读《三国演义》，何不叫他入会？冯镜如于是叫他填写誓约，正式加入兴中会，负责传递信息。14岁的冯懋龙成为当时年龄最小的革命党人，他后来自称“马前一小童”。“懋龙”二字不易书写，周围人平时称其“建华”，十九岁读东京专门学校，因反对梁启超在横滨搞保皇会，出版《清议报》，蛊惑人心，反对使用“自由、独立”字眼的主张，冯懋龙改名字为冯自由。同年东京专门学校改名为早稻田大学。
孙中山离开横滨时，让冯自由照顾陈少白生活起居，二人开始熟络起来。因为由于冯自由原籍广东，冯氏家族在香港、日本广有人脉，所以孙中山决定派他在香港、澳门，广州等地进行党务工作，向华侨募款支持革命，策划武装起义，秋瑾就是这时候加入中国同盟会的，而介绍人正是冯自由。1900年，陈少白回到香港做《中国日报》，冯自由是《中国日报》驻日特派记者。二十五岁接任陈少白做《中国日报》社长，在此期间，1905年11月，同盟会机关报《民报》在东京创刊，孙中山在《民报》创刊词中首次提出了民族、民权、民生三大主义。《民报》的香港代理是《中国日报》，为了在广告中推广方便，冯自由就将孙中山的主张简称为三民主义。几个月之后海内外各党报都用了这个简称。1906年，陈天华追悼会，冯自由撰挽联：“生平得爱友两人，星台殉国，近午何之？可叹吾党英才又弱一个；灵爽凭健儿五百，公武鸣钟，自由不死，誓覆虏酋政府实践三民。”星台是陈天华的字，近午是黄兴的字，公武是南方同盟会员讳孙文的代称。国民党元老之一胡汉民一直和冯自由探讨这个简称实际上不通，但是“三民主义”很快就传开了，连孙中山也是这样称呼他的主义了。所以冯自由一直说，“三民主义”这个简称是他创造的。
1902年，冯自由与港籍女子李自平结婚，后介绍其妻兄李自重加入同盟会下属组织。1908年钦廉起义、1910年广州新军起义时，所用的青天白日满地红军旗，都是由他的老婆李自平在香港湾仔东海旁街76号住所亲手缝制的。冯自由岳父李煜堂是香港金利源药材行老板，当时香港的大商人，也是《中国日报》重要赞助商。电影《十月围城》里的商人李玉堂就是以冯自由岳父为原型的。冯镜如有一次回香港结识了李煜堂，然后李煜堂的儿子李炳星到横滨到冯镜如家拜访，结识冯自由，知道了他改名字的故事，羡慕之余，把自己的名字改成了自重，回了香港，又让他原名三多的妹妹改名自平，也就是冯自由后来的妻子。
冯自由不止是同盟会旗下优秀报人，还大量为同盟会募捐，和洪门以及美国致公堂都有联系，也参加了很多起义和暗杀活动的策划与实施，属于同盟会员中积极分子。1912年民国临时政府在南京成立，孙中山任中华民国临时大总统，冯自由任总统府的机要秘书。这也是他人生高光时刻，之后随着孙中山的政治主张以及立党政策调整，冯自由与孙中山政见不合，就逐步走到孙的对立面上去了。也是因此，以冯自由十四岁参加兴中会的元老身份到了20多年后也只能致力革命历史著作撰写，聊表自己对轰轰烈烈辛亥革命的追思，对自己投身革命选择的不悔了。
录冯自由学生时期诗作一首作今日文尾：
漫天阴雨夕阳沉，
一片弦歌万木森。
七十门人闻大道，
三千诸佛听梵音。
众生普度师尊志，
社稷匡扶弟子心。
同学少年多努力，
我言时事泪沾襟。
参考资料：《革命逸史》冯自由著，新星出版社2016年大陆发行
《走向辛亥》（日）陈舜臣著
《辛亥革命前期的冯自由》 柴创新硕士论文（网络）
