常用格式

BED

BED是一种可以用UCSC等基因浏览器查看的基因注释文件格式,若大于50M,则应使用bigBed格式
前三列染色体号,开始位置和结束位置必须,剩余九列为可选项。

#第一行为命名行,可包含文件名、颜色等;若需要其他参数,则该参数前几列也应补充完整
track name="ColorByStrandDemo" description="Color by strand demonstration" visibility=2 colorByStrand="255,0,0 0,0,255"
chr7    127471196  127472363  Pos1  0  +
chr7    127472363  127473530  Pos2  0  +
chr7    127473530  127474697  Pos3  0  +
chr7    127474697  127475864  Pos4  0  +
chr7    127475864  127477031  Neg1  0  -

如图,名称在UCSC左侧,颜色代表正负


bedGraph

bedGraph是BED格式的一种变体,仅包含四列,chrom chromStart chromEnd dataValue。若行数大于50,000,000,上传会报错,要使用bigWig格式。

#第一行 type=必须,其余可选,可用#表示注释行;正负表示在坐标轴上下
track type=bedGraph name="BedGraph Format" description="BedGraph format" visibility=full  priority=20
chr19 49302000 49302300 -1.0
chr19 49302300 49302600 -0.75
chr19 49302600 49302900 -0.50
chr19 49302900 49303200 -0.25
chr19 49303200 49303500 0.0
chr19 49303500 49303800 0.25
chr19 49303800 49304100 0.50
chr19 49304100 49304400 0.75
chr19 49304400 49304700 1.00

如图


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