BED
BED是一种可以用UCSC等基因浏览器查看的基因注释文件格式,若大于50M,则应使用bigBed格式
前三列染色体号,开始位置和结束位置必须,剩余九列为可选项。
#第一行为命名行,可包含文件名、颜色等;若需要其他参数,则该参数前几列也应补充完整
track name="ColorByStrandDemo" description="Color by strand demonstration" visibility=2 colorByStrand="255,0,0 0,0,255"
chr7 127471196 127472363 Pos1 0 +
chr7 127472363 127473530 Pos2 0 +
chr7 127473530 127474697 Pos3 0 +
chr7 127474697 127475864 Pos4 0 +
chr7 127475864 127477031 Neg1 0 -
如图,名称在UCSC左侧,颜色代表正负
bedGraph
bedGraph是BED格式的一种变体,仅包含四列,chrom chromStart chromEnd dataValue
。若行数大于50,000,000,上传会报错,要使用bigWig格式。
#第一行 type=必须,其余可选,可用#表示注释行;正负表示在坐标轴上下
track type=bedGraph name="BedGraph Format" description="BedGraph format" visibility=full priority=20
chr19 49302000 49302300 -1.0
chr19 49302300 49302600 -0.75
chr19 49302600 49302900 -0.50
chr19 49302900 49303200 -0.25
chr19 49303200 49303500 0.0
chr19 49303500 49303800 0.25
chr19 49303800 49304100 0.50
chr19 49304100 49304400 0.75
chr19 49304400 49304700 1.00
如图