什么是IGV？

IGV=Integrated Genomics Viewer, 即序列比对的可视化呈现的一个软件。参考序列可以导入文件，也可以在线搜索相应的基因组数据，然后将测序的bam文件导入进行比对，通过图形界面的方式进行呈现。类似于传统一代测序结果的序列比对软件，只不过这个工具在Linux下运行，且可以处理较大数据量的序列。

安装

可以通过yum命令（CentOS）或 sudo apt (ubumtu)安装

yum install igv

sudo apy install igv

但当此方法不能安装时通过访问https://software.broadinstitute.org/software/igv/downl，下载相关的IGV进行安装

下载后的文件直接解压，在bin文件夹中有Java的可执行文件，igv.sh的可执行文件。

bash igv.sh

可以运行IGV。但需要提前安装可视化工具X11，并设置环境变量

在文件 ~/.bashrc 末尾，添加

export DISPLAY=:0.0

保存退出后，执行

. ~/.bashrc

之后启动Xming然后运行igv即可