#!/usr/bin/perl -w
my (%code)=(
'GCC'=>'A',
'GCA'=>'A',
'GCT'=>'A',
'GCG'=>'A',
'CGT'=>'R',
'CGC'=>'R',
'CGA'=>'R',
'CGG'=>'R',
'AGA'=>'R',
'AGG'=>'R',
'AAT'=>'N',
'AAC'=>'N',
'GAT'=>'D',
'GAC'=>'D',
'TGT'=>'C',
'TGC'=>'C',
'GAA'=>'E',
'GAG'=>'E',
'GGT'=>'G',
'GGC'=>'G',
'GGA'=>'G',
'GGG'=>'G',
'CAT'=>'H',
'CAC'=>'H',
'ATT'=>'I',
'ATC'=>'I',
'ATA'=>'I',
'TTA'=>'L',
'TTG'=>'L',
'CTT'=>'L',
'CTC'=>'L',
'CTA'=>'L',
'CTG'=>'L',
'AAA'=>'K',
'AAG'=>'K',
'ATG'=>'M',
'TTT'=>'F',
'TTC'=>'F',
'CCT'=>'P',
'CCC'=>'P',
'CCA'=>'P',
'CCG'=>'P',
'TCT'=>'S',
'TCC'=>'S',
'TCA'=>'S',
'TCG'=>'S',
'AGT'=>'S',
'AGC'=>'S',
'ACT'=>'T',
'ACC'=>'T',
'ACA'=>'T',
'ACG'=>'T',
'TGG'=>'W',
'TAT'=>'Y',
'TAC'=>'Y',
'TAA'=>'_',
'TAG'=>'_',
'TGA'=>'_',
'GTT'=>'V',
'GTC'=>'V',
'GTA'=>'V',
'GTG'=>'V',
'CAA'=>'Q',
'CAG'=>'Q',
);
open SEQ,"$ARGV[0]";
while($seq=<SEQ>){
$seq=s/\n//g;
chomp($seq);
my $protein = tra($seq);
print"$protein\n";
}
close SEQ;
sub tra {
my($DNA)=@_ ;
my $protein='';
# my $p = length($DNA)/3 ;
# my $m = sprintf ("%0.f",$p);
for($i=0;$i<length($DNA)-2;$i+=3){
$protein.=genecode(substr($DNA,$i,3));
}
return $protein;
}
sub genecode{
my($nnn)=@_;
$nnn=uc $nnn;#字符转化为大写
if (exists $code{$nnn}){
return $code{$nnn};
}
else{die"bad code '$nnn'!!\n";}
}
DNA序列翻译为蛋白质序列 perl script
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