安装前准备
在上一篇笔记中提到， ProDy 是一个免费开源的 Python 模块，因而可以采用多种 Python 模块的安装方式进行选择。
浏览官网的安装教程发现，ProDy 除自身外还依赖于多个外部的模块：NumPy、Biopython、SciPy，同时官方还建议安装 Matplotlib 用于绘图，IPython 用于交互。因而，在安装使用ProDy之前需要先行安装上述模块。
pip 工具进行安装
pip是首选的安装程序，从Python 3.4开始，它默认包含在Python二进制安装程序中，在多个操作系统下均可使用。
利用 pip 工具进行安装仅需要在终端输入如下的一行指令即可：
pip install prody
下载至本地进行安装
若系统中 pip 工具无法使用，则可以从 PyPI 官网中的 ProDy 网页下载安装包至本地，执行其中的 setup.py 文件后完成安装。
完成下载后，终端命令行如下：
tar -xzf ProDy-1.11.tar.gz
cd ProDy-1.11
python setup.py build
sudo python setup.py install
Anaconda 简化安装
Anaconda 解决了官方Python的两大痛点：提供了包管理功能，Windows平台安装第三方包经常失败的场景得以解决；提供环境管理功能，解决了多版本Python并存、切换的问题。conda 是一种 Python 环境管理程序，conda 和 Anaconda一起能解决很多环境、包管理的问题。同时，本文最开始提到的 NumPy、SciPy、Matlotlib 库均为 Anaconda 自带，因而安装 Anaconda 后进行安装 ProDy 的模块将更为便捷。
关于 Anaconda 更为细节的使用和描述详见官网：https://www.anaconda.com
检验安装结果
完成安装后，有两种方法检验是否安装成功。
方法一：
终端输入：
ProDy
出现类似下图的回显证明安装成功：
方法二：
打开 Python IDLE / Jupyter Notebook / Spyder 等交互式工具，执行 Python 语句：
import prody
若无报错，则证实安装成功。
PS：
可能出现警告信息是因 Biopython的某些方法导致，如下图所示的 Bio.SubsMat 的相关方法已经进行了更新，原有的方法被取代。可根据提示信息进行代码或版本的调整，一般情况下该报错产生影响较小，不会影响最终结果。
