# 函数功能简介：使用HLA-HD软件来识别HLA typing
# 创建作者: Van Linun
# 日期：2020/9/7
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#函数名称：getHLATyping
#' @param InDir: 待处理的fastq文件存放路径 如：/IJob/J33/Data/SRP102119_BC_12P22M34NSamples_WES/_AfterFASTQC_/_AfterAlign_
#' @param isPaired: 是否是双末端序列，如果是，则会把两个fastq合并成一个，默认为TRUE
#' @param OutDir: 每一个人的HLA typing
#' 如果未指定OutDir,那么程序会在当前目录下创建一个名为HLAResult的目录,把结果都存放于这里.
#' @return 每个患者会生成一个文件夹
#' 识别双末端序列需要以下划线标识，如SRR5357677_1.fastq，SRR5357677_2.fastq
#' !!!手动修改.bash_profile中的PATH变量，在前面加上/home/wanly2018/RelatedSoftware/HLAIITypingTools/hlahd.1.3.0/bin:
#'example
#'getHLATyping(InDir = "/pub6/temp/WLY/SRP102119_BC_12P22M34N/Fastq", OutDir = "/home/wanly2018/RelatedSoftware/HLATyping")
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