（1）镇土地管理所属于镇政府内设机构，且根据土地管理方面的法律法规，并未获得授权，故本案的被告应是镇政府，A项错误，B项正确。
（2）《城市房地产管理法》第62条第1款的规定，房地产抵押时，应当向县级以上地方人民政府规定的部门办理抵押登记。镇土地管理所仅是镇政府的内设机构，而非县级以上地方人民政府规定的部门，不享有办理抵押登记的职权，因此C项说法正确。
（3）本案中，真正具有法律效力，影响当事人权利义务的行为是镇土地管理所、土地使用权抵押登记行为。土地管理所出具《证明》的行为，只是对登记情况进行证明，本身没有法律效力。因此，本案正确的处理应当是撤销抵押登记，并对没有效力也没有可撤销内容的《证明》确认违法，D项正确。
【答案】BCD
