Expasy
Expasy数据库里面有很多关于蛋白质以及生物信息学的一些工具。
网站地址：https://www.expasy.org/
蛋白质特征预测
结果中包含一些简单的统计，包括蛋白质的PI值、每种氨基酸的比例以及这个蛋白质是否稳定、是否能够被讲解等。
跨膜区域预测工具
网站地址：http://bioinformatics.ysu.edu/tools/subcell.html
TMHMM Server
网站地址：http://www.cbs.dtu.dk/services/TMHMM/
蛋白质预测：PREDICT PROTEIN
网站地址：https://predictprotein.org/
蛋白质功能预测Gene Ontology
网站地址:http://geneontology.org/
本体Ontology
三个模块：
1.biological process
2.cellular component
3.molecular function
蛋白质功能预测：KEGG
蛋白质功能预测：MetaCyc
蛋白质功能预测:InterPro
网站地址：http://www.ebi.ac.uk/interpro/
解析蛋白功能（酶数据库）
1.Enzyme Portal
网站地址：https://www.ebi.ac.uk/enzymeportal/
2.BRENDA
网站地址：https://www.brenda-enzymes.org/
3.ExplorEnz
网站地址：https://www.enzyme-database.org/
4.M-CSA
网站地址：https://www.ebi.ac.uk/thornton-srv/m-csa/
其它数据库（不是酶的蛋白质）
1.CAZY
网站地址：http://www.cazy.org/
糖基转移酶的数据库
2.TDB
网站地址：https://www.tcdb.org/
转运蛋白的数据库
蛋白相互关系预测功能
1.String
网站地址：https://cn.string-db.org/
2.STITCH
网站地址：http://stitch.embl.de/
基于模式生物数据库解析基因功能（功能保守蛋白Tuf）
1.String
网站地址：https://cn.string-db.org/
找到蛋白是否存在同源蛋白。
2.Ecocyc
网站地址：https://www.ecocyc.org/
大肠杆菌。
3.Biocyc
网站地址：https://www.biocyc.org/
酵母。
解析基因编码蛋白的功能
1.String
网站地址：https://cn.string-db.org/
2.SGD
网站地址：https://www.yeastgenome.org/
酿酒酵母。
3.ALLIANCE
网站地址：https://www.alliancegenome.org/
解析蛋白功能（结构与功能）
1.SIB
网站地址：https://www.sib.swiss/
2.SWISS-MODEL
网站地址：https://swissmodel.expasy.org/
可以检测蛋白质是否存在某个结构、这个结构在蛋白质什么区域，是否存在其他的同源蛋白质结构等。
3.InterPro
网站地址：https://www.ebi.ac.uk/interpro/
4.CATH / Gene3D
网站地址：https://www.cathdb.info/
把蛋白质分为不同的类型，来进行归纳和总结。
5.PDBe
网站地址：https://www.ebi.ac.uk/pdbe/
解析蛋白功能（代谢途径）
1.KEGG
2.MetaCyc
网站地址：https://metacyc.org/
3.reactome
网站地址：https://reactome.org/
