常规藻类生物量控制的方法有：水体生产力（总碱度）控制、滤食鱼类生物量控制、化学药物控制、物理控制和转移处理等。要使池塘藻类生态相对稳定，每天被藻类消费的物质必须能稳定供应；同时，每天生长出来的藻类也必须被相应消费，才能保持池塘中藻类的密度和活性相对稳定。因此，藻类相对稳定（即生态系统稳定）的本质是生态系统各环节之间相对平衡。具体办法是捕捞适量的大规格滤食性鱼类和主养鱼类，再补充相应的中小规格滤食性鱼类和主养鱼类，减少池塘生物量以降低饲料污染率和对藻类的“捕食”压力。这就是传统养殖为什么总是轮捕轮放的原因。传统的池塘养殖是通过调节池塘总碱度和滤食性鱼类和饲料投入量，即通过轮捕轮放来控制藻类的。降低光照强度有两种方式，一种是物理遮荫，通过在池塘上方搭棚，根据需要盖上具有一定透光度的遮光网。另一种方法是采用粘土或染料对水体进行染色，降低水体的透光度以达到降低光合作用效率的目的。随着光合作用的进行，水体中微量营养素（主要是微量元素）就这样源源不断地随着食物链转移到淤泥中。因此，必须采取一定的手段促进这些滞留在底泥中的微量元素回到水体里面，重新进入池塘光合自养生态循环中。否则池塘水体就会因微量元素的缺乏导致藻类种群发生更替或老化甚至倒藻。
科学合理底泥管理是藻类生态生态系统稳定的关键。
