转载自嘻皮悠的博客 http://blog.sina.com.cn/u/2054060511
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reads map到基因组上通常会产生bam/sam文件，但bam/sam文件中通常不直接给出reads mapping的正负链(+/-)信息。那么，如何获取所有mapping到基因组正链或者负链的reads呢？

从sam文件的说明文档中（http://samtools.github.io/hts-specs/SAMv1.pdf），我们得知，FLAG 0x10（十六进制的10，相当于十进制的16）表示reads是否显示为反向互补。因此，只需要对该位进行过滤，即可知道read到底是map到了正链还是负链上。

第一种方法：（借鉴https://www.biostars.org/p/59388/）
(1)获取所有mapping的reads
samtools view -F 4 reads.bam >mapped_reads.sam
(2)正链mapping的reads
gawk '(and(16, 2))' mapped_reads.sam > forward_mapped_reads.sam

第二种方法：（来自https://www.biostars.org/p/14378/）
samtools view -F 20 ... : forward strand
samtools view -f 16 ... : reverse strand
samtools view -f 4 ... : unmapped

FLAG信息解读网站：https://broadinstitute.github.io/picard/explain-flags.html